| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,103,344 | (C)8→7 | pseudogene (585/721 nt) | yggN ← | DUF2884 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,103,337 | 0 | C | . | 99.2% | 1891.3 / 3.6 | 400 | pseudogene (592/721 nt) | yggN | DUF2884 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base . (182/214); total (184/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 465 total aligned reads displayed.
AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGA > NZ_CP025268/3103198‑3103473 | agagGATTCTTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccc > 2:8113123/1‑140 (MQ=255) agagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccc < 1:4405121/140‑1 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGCTTGAGGAGTGCTGcccccc > 1:10379753/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:8977540/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCAGCTATTTCCACTCGGTTTGTATAGAGGATTGCAGcccccc > 1:9706944/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTGTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:3656734/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGTCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc > 2:2062856/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCACACTGCTGGACATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATGGTGGAGTGCAGccccccc > 1:9934025/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc > 2:6757324/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc > 2:6402315/1‑140 (MQ=255) ggATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACTTCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccca > 1:2201745/1‑139 (MQ=255) ggATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGGTTGGATTGAGGATTGCAGccccccca > 1:2916990/1‑139 (MQ=255) gATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAACCATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCATTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccag < 2:5457532/140‑3 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:606309/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:7720297/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:8882875/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 2:3267117/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 2:481249/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:10727552/140‑4 (MQ=255) attattATAAATTCCCGACCAGGGCTGTGCGGCTATCGTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:8374374/140‑4 (MQ=255) tattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCt > 1:9111489/1‑140 (MQ=255) ttAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTccc < 2:1252295/140‑1 (MQ=255) aaTTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGGTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGc > 1:1660278/1‑140 (MQ=255) aTTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGca < 2:5187956/140‑1 (MQ=255) cccGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTATTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACAt < 1:8608396/140‑1 (MQ=255) aGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGTAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTaa < 2:1355425/140‑1 (MQ=255) ggCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATg < 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tGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTa > 2:5702960/1‑140 (MQ=255) tGCGGCTAGCTTCCAGAGTCCCAACGCGGCTACACACATCGTGGCCAAACTGCTGGAACTCTTGTTCCTGCTGTTTCCACGCGGTTTGGAGTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACCTTCGGTAATGGGttc > 2:9202868/1‑139 (MQ=255) cTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTAccgcc > 1:6976714/1‑140 (MQ=255) tATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACTTCTTTGCCTAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTNGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTAccgccg < 1:6178671/140‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCTAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTAccgcct < 2:4402538/140‑2 (MQ=255) tATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTAccgccg < 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cTACAACCATCTGTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTGTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGcc < 2:9662536/140‑1 (MQ=255) cTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGcc < 1:5881916/140‑1 (MQ=255) tACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCTGCACCGCTTTCGCGccc > 1:7148470/1‑140 (MQ=255) cAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCAt < 2:1988721/140‑1 (MQ=255) cAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCAt < 2:267533/140‑1 (MQ=255) cAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCAt > 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tgGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCTCCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTaa > 2:7303732/1‑140 (MQ=255) cTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCa < 1:8078653/140‑1 (MQ=255) ttttCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCAcc > 2:3878417/1‑140 (MQ=255) ttttCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCAcc < 1:10489457/140‑1 (MQ=255) ttCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTTGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCa < 2:165728/140‑1 (MQ=255) cTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGAGTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTGTCGCGGCACTTTCTTTAATGCTGTGCTGTACATTTCGAccacttg > 2:7195956/1‑135 (MQ=255) tGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGc < 1:6684267/140‑1 (MQ=255) tttCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGAt < 1:5301594/140‑1 (MQ=255) tCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTc > 2:7564655/1‑140 (MQ=255) tCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTcgcg > 2:8864242/1‑87 (MQ=255) tCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTaa > 1:5700162/1‑140 (MQ=255) tttGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAATTTCCACCCATTGCCTGATTCACTaaattc > 2:7035873/1‑136 (MQ=255) ttGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCt < 1:4766121/140‑1 (MQ=255) tGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCtt < 1:11022592/140‑1 (MQ=255) aGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCg > 1:7226432/1‑140 (MQ=255) aGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCg > 2:104525/1‑140 (MQ=255) ggATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCgg > 2:7695871/1‑140 (MQ=255) ggATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCgg > 2:10724674/1‑140 (MQ=255) ggATTGCAG‑CCCACCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCGATGTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCTTTGCCTGATTCTCTAATTGCTGGCCTTCgg > 2:8315508/1‑140 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:6846647/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 1:8789275/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:4478968/140‑1 (MQ=255) tGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGcgcg > 2:4080768/1‑140 (MQ=255) tGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTACACCCAGTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGcgcg > 1:3123705/1‑140 (MQ=255) | AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCGA > NZ_CP025268/3103198‑3103473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |