Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,728,808 | (C)10→8 | pseudogene (1254‑1255/1457 nt) | xylB ← | xylulokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,728,800 | 0 | C | . | 89.9% | 449.3 / 45.4 | 120 | pseudogene (1263/1457 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/2); new base . (56/51); total (67/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NZ_CP025268 | 3,728,801 | 0 | C | . | 90.7% | 371.1 / 52.0 | 120 | pseudogene (1262/1457 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); major base . (49/49); minor base G (9/1); total (67/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GGCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATCCCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCC > NZ_CP025268/3728661‑3728932 || ggCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACACTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATc < 2:8948638/140‑1 (MQ=255) cTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc < 1:3918739/140‑1 (MQ=255) tAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccc < 2:5166495/140‑1 (MQ=255) aGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccg < 1:3412766/140‑2 (MQ=255) gCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACGGccccccccgg > 2:10784941/1‑138 (MQ=255) cGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATcccgccccgga > 1:7191260/1‑137 (MQ=255) aTAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgtacggt < 1:2716955/140‑8 (MQ=255) tAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTa > 1:3732922/1‑140 (MQ=255) cGCTGCGCATCTTGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACA‑‑GCCCCCCCCGTACGGTAATc > 2:8953995/1‑140 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAg > 2:9347844/1‑140 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACA‑‑GCCCCCCCCGGACGGGAATCGAg > 1:3930360/1‑140 (MQ=255) cgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc < 2:11212269/119‑1 (MQ=255) cgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc > 1:11212269/1‑119 (MQ=255) cgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc > 1:10985121/1‑119 (MQ=255) aTCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctgct < 2:7871033/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGGACGGGAATCGAgctgct > 1:9117165/1‑140 (MQ=255) cTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTCCGGTAATCGCGCTGCTGa > 2:8527777/1‑140 (MQ=255) cTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAGTCGCGCTGCTGa > 2:2353235/1‑140 (MQ=255) cTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGATCTGCTGa < 2:3132882/140‑1 (MQ=255) cTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGa < 1:8530851/140‑1 (MQ=255) tGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGAc < 2:3105278/140‑1 (MQ=255) tAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATGTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGc < 2:4425807/140‑1 (MQ=255) aGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATc < 1:10918625/107‑1 (MQ=255) aGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATc > 2:10918625/1‑107 (MQ=255) aGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATc < 1:10919143/107‑1 (MQ=255) aGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATc > 2:10919143/1‑107 (MQ=255) tGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGGCGGGGAGCGAGCTGCTGTCCGCTGag > 2:5695253/1‑139 (MQ=255) gCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGata < 2:3322496/140‑1 (MQ=255) cGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑CCCCCCCCGGT‑CGGGAGTCGTGCTGCTGGCCGcgggtgt > 1:3656414/1‑134 (MQ=255) cTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCGCCGCCGGACGGTGCGCGAGCTGGTGTCCGCTGATATCCg > 1:7702250/1‑140 (MQ=255) cTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATGCg > 2:4062379/1‑140 (MQ=255) cTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTAGTGGTGCTGCTGGCCGCTGTTATGCg > 2:1227970/1‑140 (MQ=255) tGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGc < 1:6804561/140‑1 (MQ=255) tCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAg < 1:579601/140‑1 (MQ=255) tCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAg < 1:7041692/140‑1 (MQ=255) tCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAg < 2:10497726/140‑1 (MQ=255) cTAACGGTAGTTGCGGAAACAATTCAATGAGCGATTTCTATGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTCCGGTAATCGGGCTGCTGAGCGGTGATCTccgcccgc > 1:3725845/1‑140 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCTATGAGCGATGTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCTTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGTTATCCGACAGCATCt < 2:11606945/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGCGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 2:8148465/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:6976495/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:828311/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa < 1:4908317/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGGTAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTTTTCGAGCTGCTGACCGCTGATAGACGCCAGCAGCTGACg > 2:9857283/1‑140 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg < 1:9810469/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg < 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tGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCa < 1:5149285/140‑1 (MQ=255) gCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAg < 1:8063421/140‑1 (MQ=255) gCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CGCCCCCCCCGTGCGGGGAGCGTGCTGCTGGCCGCGGTGAGCCGCCAGCCTCGGACGCCGGtgg > 2:3168799/1‑138 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:11351997/122‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt > 2:11351873/1‑122 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:11351873/122‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTACTCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTAc > 2:4300393/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGGAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTAcg < 2:474138/140‑1 (MQ=255) tGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACA‑‑GCCCCCCCCGGACGGTAAACGCGCTGGGGACCGCGGGGCTCCGCCCGCCTCTGTCGCCGGTACTCACGACGcgcc > 1:4586880/1‑140 (MQ=255) gAGCGATTTCTCTGTTTTCGCCGCGATCTGCGCCATCCTTGCTGCTCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCTTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCAAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGcgcca < 2:10079975/140‑2 (MQ=255) gCGATTTCTCTGGATTCGCCGCTATATGCGCCTGCCTTGCTGCGACCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGcgccccg < 2:5379017/140‑1 (MQ=255) tctcTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCa < 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1:10361048/1‑138 (MQ=255) cgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCGGATCTCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCGATCAACGGAACACTTTGCgggg > 1:10360827/1‑138 (MQ=255) cgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGTACTCGAGCTGCTGACCGCGGATATCCGCCAGCAGCGGCCGCCAGGACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGGAACACGTTGCGGtt > 2:8571126/1‑140 (MQ=255) cgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTCCGGTCATCGAGCTGCTGACCGCTGATAGCCGCCAGCATCTGACGCCAGTGCTCTCTACGCGCCGCGCCCCCCATCAAGGGAACACGTTGCGGtt > 2:8571514/1‑140 (MQ=255) ccTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTTCGGTCATCGAGCTGCTGTCCGCTGATATACGCCAGCATCTGACTCCAGTTCTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCTACGTATCACTTTGCGGGTTAATAc > 2:7789222/1‑140 (MQ=255) cTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCG‑CCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCg < 1:54036/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCg < 1:7221042/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CGCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCg < 2:2358025/140‑1 (MQ=255) tgctgcGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTACCACTTTGCGGTTTAATACCGc < 2:11465547/140‑1 (MQ=255) cgcCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCa < 1:4689388/140‑1 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTATTCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCCGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACGTTGCGGTTTAATACCGCAGGCCTg > 1:8986698/1‑140 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCGGACGCCCGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCCATCCACGTGACACTGTGCGGGTGAATACCGCAGGCATg > 1:511779/1‑140 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCGGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAGTCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATg > 1:9355390/1‑140 (MQ=255) aGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTTCTCGAGCGGCGGACCGCTGAGATCCGCCCGCATCGGACGCCAGTAGTCTCTACGCGCCCCGCCCCCCAGAAAGGTAACACTTTGCGGTGTAGTACCGCAGGCGTggag > 1:9234146/1‑137 (MQ=255) gTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACg < 1:6480320/140‑1 (MQ=255) gTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACg < 1:2585866/140‑1 (MQ=255) tGCTGGCCCCCCAG‑‑CCCCCCCCGGCCGGTAATCGAGCTGCTGACCGCGGATGTCCGCCAGCATCTGACGCCAGGACGCCCGCCGCGCCCCGCCCCCAAGCAACGTAACACTTTGCGGGTTAATCCCGCCGGCCTGCACGa > 2:1957053/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑CCCCCCCCGGT‑CGGTAATCGTGCTGCTGTGCGCTGATATCCGCCAGCAGCTGACGCCAGTTCTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACGTTGCGGGTGTATACGGCAGGCCTGCTCgg > 1:7206992/1‑139 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTCCGGTAATCGAGCTGCTGTCCGCTGATTTCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACGCACGACGGGCCCCGCCCCCCTTCAACGTCACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCGCGa > 1:2842006/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCCGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCCACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACgc > 2:1956895/1‑139 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGa > 2:8340411/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCGGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGa > 2:6845649/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGGAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCCCTCAACGTAACACGTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACgc > 2:10435199/1‑139 (MQ=255) tGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAAACGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCCGCATCTGACGCCAGTACTCACAACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACATTGCGGGTTAATACCGCAGGCATGCACGACAt > 1:9072240/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGCCGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACGTTGCGGTTTAATACCGCAGGCCTGCACGACATcc > 2:6773566/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACGCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATcc > 2:742128/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGTCATCGAGCTGCTGGCCGCGGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACGCACAACGCGCCCCGCCCCCAATCCACGGAACACGTTGCGGGTTGATACCGCAGGCATGCACGACATcc > 1:1805309/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGTAATCGAGCTGCTGCCCGCGGATATCCGCCCGCCTCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGGAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATcc > 2:6774470/1‑140 (MQ=255) || GGCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATCCCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCC > NZ_CP025268/3728661‑3728932 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |