| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,033,768 | (C)5→6 | pseudogene (190/920 nt) | yedA → | drug/metabolite exporter YedA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 98.5% | 2302.5 / 21.5 | 669 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/2); new base C (316/341); total (326/343) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 731 total aligned reads displayed.
TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑T‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033624‑2033897 | gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑T‑cc > 1:5857129/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑T‑cc > 2:2826387/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTAATGCGCGGACACAA‑AC‑T‑cc > 2:11200414/1‑140 (MQ=255) tataTCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑T‑ccc < 1:1402227/140‑1 (MQ=255) atatCATTTTGGGCACAACCAATGTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGATCGATTCCTGGCAGCAGGTCTTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGCACACCA‑CC‑T‑cccc > 2:6223012/1‑140 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGACTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACCCAA‑TC‑T‑cccc > 2:7817692/1‑140 (MQ=255) ttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTAc < 1:2170084/140‑1 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGTCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCAATTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:8651604/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTCCTGCGCGGACACAATAT‑A‑CCCCCGCTACGt > 2:3601988/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:4011412/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 1:4361519/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 1:7807529/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:5895662/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:6422439/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:7230161/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:9784100/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGATAGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGATGGCATTTTTGCTACTGCTCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 2:10034307/1‑140 (MQ=255) ggggCCCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGt > 1:7609717/1‑140 (MQ=255) ggCTCAACCCATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTcc > 1:7042932/1‑140 (MQ=255) gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCg < 2:2124646/140‑1 (MQ=255) gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCg < 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tCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgcg < 1:6056412/140‑1 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 1:8628761/140‑1 (MQ=255) aTTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTgg < 2:3856913/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGc < 1:7981211/140‑1 (MQ=255) tGGCGTGGACAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGAATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGcc < 2:2426460/140‑1 (MQ=255) cGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAGTGGCCTGt > 1:3231837/1‑140 (MQ=255) gAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTAtt > 2:3340019/1‑140 (MQ=255) cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg > 1:3955601/1‑140 (MQ=255) cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:10179139/140‑1 (MQ=255) ggCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctggct < 1:10629975/140‑1 (MQ=255) ggCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctggct < 2:6881237/140‑1 (MQ=255) 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gcgcGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTg < 2:8053227/140‑1 (MQ=255) gcgcGGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTg > 1:838091/1‑140 (MQ=255) cgcgGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACAt < 2:3075907/102‑1 (MQ=255) cgGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCaa < 1:9825021/140‑1 (MQ=255) cgGACACAA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCaa < 2:10504401/140‑1 (MQ=255) acaA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTg < 2:1901044/140‑1 (MQ=255) acaA‑AC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTg < 2:9377766/140‑1 (MQ=255) aa‑aC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 1:5681519/140‑1 (MQ=255) aa‑aC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 2:5452418/140‑1 (MQ=255) aa‑aC‑TCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 1:4043740/140‑1 (MQ=255) aa‑aC‑TCCCCCCGCTACGTCAGCTGCTATATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 2:972282/140‑1 (MQ=255) aa‑aC‑TCCCCCCGATACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGGAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 2:4292258/140‑1 (MQ=255) | TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AC‑T‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033624‑2033897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |