Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,769,852 | +C | intergenic (‑52/‑89) | yfjM ← / → rnlA | DUF1524 domain‑containing protein/type II toxin‑antitoxin system toxin mRNA endoribonuclease RnlA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,769,848 | 1 | . | C | 95.7% | 1455.5 / 53.6 | 446 | intergenic (‑48/‑93) | yfjM/rnlA | DUF1524 domain‑containing protein/type II toxin‑antitoxin system toxin mRNA endoribonuclease RnlA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/17); new base C (162/262); total (165/281) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
TCTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCA > NZ_CP025268/2769710‑2769982 | cTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑cc < 1:10557189/140‑1 (MQ=255) cTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑cc < 2:5525468/140‑1 (MQ=255) tGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACCTCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCGGTAGGGGGTGTG‑cc‑c‑c > 2:8288941/1‑140 (MQ=255) ctgGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGGCCTATAGTTGGAGTG‑cc‑c‑cctagtc > 1:1157899/1‑134 (MQ=255) ctgGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTc < 1:7209856/140‑1 (MQ=255) gCGAATAATGACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGCTCAGGAAGAGGTTACCGATACGATGGACATCATCCCCAATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCATGCCCTTTAGTTGGATTG‑CCAC‑CTATTCAgg < 2:9766235/140‑1 (MQ=255) aataatTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTgg < 1:2080427/140‑1 (MQ=255) aaGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAg < 2:243888/140‑1 (MQ=255) aaGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAg < 1:11024633/140‑1 (MQ=255) aaGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAg < 2:7965771/140‑1 (MQ=255) tATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCaa > 2:1750609/1‑140 (MQ=255) tATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGAGCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTAGTCAGGGGGCTAAATTTAGCaa > 1:6953842/1‑140 (MQ=255) tCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAAt < 2:10175407/140‑1 (MQ=255) cGAGTTGCTGCTTGGAGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCACCCAATTTTTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTCTCGGTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTCAATTTAGCAAATc > 2:4490347/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCGATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCACATCat > 2:7369220/1‑139 (MQ=255) aGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTGACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCaa < 2:3620640/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa < 1:4709632/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa < 1:2141007/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa < 1:2203625/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa < 2:6634640/140‑1 (MQ=255) tgctgcTTGGTGAGAACAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CACCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATac < 2:9593915/140‑1 (MQ=255) ctgctTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCGAGTGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAAGTTAGCAAATCAATacac > 1:5322699/1‑140 (MQ=255) ggTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCGCTATAGTTGGTGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACGTCAgg > 1:4439974/1‑140 (MQ=255) ggTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGGTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgg > 1:8906270/1‑140 (MQ=255) gTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGTCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg > 2:11566754/1‑140 (MQ=255) gTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTCAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg > 1:10308427/1‑140 (MQ=255) gTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg < 2:1434986/140‑1 (MQ=255) gTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg < 2:1225406/140‑1 (MQ=255) gTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg < 1:7997851/140‑1 (MQ=255) tGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgggg < 1:5002706/140‑1 (MQ=255) agaTCAGGAAGAGTTTACCGAAACGATGGACAACATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgggggg < 2:8617564/140‑1 (MQ=255) agaTCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgggggg < 1:7463869/140‑1 (MQ=255) agaTCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgggggg < 1:9773357/140‑1 (MQ=255) agaTCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgggggg < 1:5436446/140‑1 (MQ=255) agaTCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAgggggg < 2:1140850/140‑1 (MQ=255) ctCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGta < 1:2350690/139‑1 (MQ=255) aTCCGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAAGACACTGCAGGGGGGta < 2:2534771/140‑1 (MQ=255) aTCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGta < 1:3497335/140‑1 (MQ=255) aTCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGta < 1:4254419/140‑1 (MQ=255) acAGGACGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGtat < 1:8720567/139‑1 (MQ=255) ggAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGtattat > 1:3102188/1‑140 (MQ=255) aaGAGGGTCCCGACACGATGGACCCCAGCCCCCCTGCTGTGGCCTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATCGTGGGAGTGCCC‑C‑CTATACAGGTGGCTAACTTGAGCAACTCACGACACTTCCGGGGGGtcttaagg < 2:2929830/140‑4 (MQ=255) gTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTagag < 1:2971133/140‑1 (MQ=255) ttACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTTCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGt < 2:4235183/140‑1 (MQ=255) ttACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGt < 2:7149851/140‑1 (MQ=255) aCCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGttt > 1:9533856/1‑140 (MQ=255) aCCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGttt < 2:9104038/140‑1 (MQ=255) ccGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTc > 2:5793693/1‑140 (MQ=255) cGAAACGCTGGACATCATCCCCCATTTTGTTGACTG‑ACCCCGCGGTAGACGATCCTGCCCTATTGTGGGAGTGCCC‑C‑CGATACCGGGGGCTAAATTGAGCAAATCAATACACTGCAGGGGGGTATGATTGTAGAGTTTca < 2:6411783/140‑2 (MQ=255) cGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTcc < 1:2826448/140‑1 (MQ=255) aCGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCat < 1:9169495/140‑1 (MQ=255) cgttGGACATCATCCCCCATTTTGTGTACTG‑CACCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGTAGTGCCC‑C‑CTATTAAGGTGGATAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCata < 2:9399165/137‑1 (MQ=255) cGATTGACATCATACCCCATTTTGTGTACTG‑CCCCCACGGTAGACGATCCTGACCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGAGAAATTTAGCAAATCAATAAACTTCAGGGGTGTATTATTGTAGAGTGTCCCCata < 2:6825741/140‑1 (MQ=255) cGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCata < 2:5197233/140‑1 (MQ=255) cGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCata < 2:5654172/140‑1 (MQ=255) tGGTCATCATCCCCCATTTTGTGGACGG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTATCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGGTTCCCCATATGt < 2:10892483/140‑1 (MQ=255) tGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGTGTTTCCCCATATGt > 1:6220679/1‑140 (MQ=255) tGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACGG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAAGACACTTCAGTGGGGTATTATTTTAGAGTTTCCCCATATGt < 2:6154671/140‑1 (MQ=255) ggACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGtt < 1:3897652/140‑1 (MQ=255) atcatcCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTa < 1:7650570/140‑1 (MQ=255) tcatcCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTAt < 1:372926/140‑1 (MQ=255) cccccATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGa > 2:2627829/1‑140 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATc < 1:10407249/140‑1 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATc < 2:4658488/140‑1 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTG‑ACCCCACGGTAGACGATCCTGCACTATAGTTGGAGTG‑CC‑CACTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTACAGGTGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATc < 2:10215815/140‑1 (MQ=255) cttttGTGGACTG‑‑CCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAgg < 2:9344797/139‑1 (MQ=255) tgttGACTG‑CCCCCCCTGTAGACGATCCTGCCCTAAAGTTGTAGTGCCC‑C‑CTATTCATGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTACAGGGGGGCATTATTGTAGAGATTCCCCAAAAGTTTCTATGGGATCAACGaaa > 2:3222795/1‑140 (MQ=255) tgGACTGCCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCGATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAAt > 2:9037119/1‑140 (MQ=255) tgGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATg < 1:1750609/140‑1 (MQ=255) aCTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTCTTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACa > 1:5999873/1‑140 (MQ=255) g‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATc > 1:6777911/1‑140 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCa > 1:2524172/1‑140 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCa > 1:1005223/1‑140 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGGTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCa > 2:4943267/1‑140 (MQ=255) aGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACaa < 2:4093126/140‑1 (MQ=255) aGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACaa < 1:1984434/140‑1 (MQ=255) aGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACaa < 1:4969610/140‑1 (MQ=255) aGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACaa > 1:8378171/1‑140 (MQ=255) gATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAAc > 1:10882866/1‑140 (MQ=255) aTCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGTGTTGCCCCATATGTTTCTATGGGATGCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACt < 2:8379054/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACtt > 1:5637456/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACtt > 1:1325630/1‑140 (MQ=255) cccTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATc > 1:9661002/1‑140 (MQ=255) cccTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATc < 1:6492618/140‑1 (MQ=255) cccTATAGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATc > 2:3528467/1‑140 (MQ=255) tataGTTGGAGTGCCC‑C‑CTANTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGANATGACAANCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTgg > 1:6107469/1‑140 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGt < 2:3312564/140‑1 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTcc < 2:11251675/78‑1 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTcc > 1:11251675/1‑78 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACt < 2:10565791/129‑1 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc < 1:4018478/140‑1 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc > 2:3859541/1‑140 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc > 1:894734/1‑140 (MQ=255) taGTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc < 1:1886667/140‑1 (MQ=255) gTTGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAg < 1:4789564/140‑1 (MQ=255) ttGGAGTGCCC‑C‑CAATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGATACAAAAACTTAAATCTGGTCAgg > 2:8766826/1‑140 (MQ=255) tGGAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTTGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCACATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAggg < 2:7679520/140‑1 (MQ=255) ggAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATc > 1:647922/1‑93 (MQ=255) ggAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGc > 2:3780820/1‑140 (MQ=255) gAGTGCCC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCa < 2:2059874/140‑1 (MQ=255) | TCTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CC‑C‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCA > NZ_CP025268/2769710‑2769982 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |