Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 320,615 | (G)6→7 | intergenic (+482/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 320,609 | 1 | . | G | 98.1% | 3064.8 / 41.7 | 891 | intergenic (+476/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/10); new base G (271/603); total (278/613) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 944 total aligned reads displayed.
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGT‑GGG‑GGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 | gCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTAGTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGT‑g < 2:9712226/140‑1 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGT‑gg < 2:2778895/140‑1 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGT‑gg > 2:11160973/1‑140 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATGAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGT‑gg < 2:1264537/140‑1 (MQ=255) aTGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATAGTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGT‑ggg‑g > 2:4379755/1‑140 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCg > 1:5033938/1‑140 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCg > 2:457143/1‑140 (MQ=255) tAAAATTAGTTCTTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCCTACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGAGCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCggg < 2:9114948/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATaaa < 2:6062505/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATaaa < 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< 1:5751712/140‑1 (MQ=255) ggATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTa < 1:8747039/140‑1 (MQ=255) gAAAGTTTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGACATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAg < 2:2091598/140‑1 (MQ=255) aTCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAAt > 2:1820280/1‑140 (MQ=255) tGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAt > 2:4000862/1‑140 (MQ=255) gTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCC‑CGGTGGGG‑GGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAtt < 2:1448440/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |