Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 585,329 | C→T | S210N (AGC→AAC) | envY ← | DNA‑binding transcriptional regulator EnvY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 585,329 | 0 | C | T | 99.7% | 2223.6 / NA | 579 | S210N (AGC→AAC) | envY | DNA‑binding transcriptional regulator EnvY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (271/306); minor base G (2/0); total (273/306) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 579 total aligned reads displayed.
CCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGCTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCAG > NZ_CP025268/585192‑585465 | cccTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTa < 2:108428/140‑1 (MQ=255) tCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCa < 2:7597805/140‑1 (MQ=255) tCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCa < 2:11248209/140‑1 (MQ=255) acaTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 2:3012398/140‑1 (MQ=255) acaTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 2:1731372/140‑1 (MQ=255) acaTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 1:1982683/140‑1 (MQ=255) acaTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 1:3053520/140‑1 (MQ=255) caTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAATACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATa > 1:10552660/1‑140 (MQ=255) caTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATa > 1:754007/1‑140 (MQ=255) aTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTTTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATaa > 2:1639383/1‑140 (MQ=255) aTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATaa < 1:3669020/140‑1 (MQ=255) aTCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATaa < 1:3316577/140‑1 (MQ=255) cACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACa > 1:10035637/1‑140 (MQ=255) cACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACa < 1:2858402/140‑1 (MQ=255) aCTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACAt < 1:9813540/140‑1 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATc > 1:6428202/1‑140 (MQ=255) ttttGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTg < 2:6367535/140‑1 (MQ=255) tttGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATACTTGCGCCACCTGAGTGAGAGTGTTGTTATCCATCAATAACATCTGt > 1:9102917/1‑140 (MQ=255) ttGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTa < 1:1811404/140‑1 (MQ=255) ttGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCATTATAACGCATTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTa < 2:10271602/140‑1 (MQ=255) gTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACg > 2:6707154/1‑140 (MQ=255) gCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCg < 1:4943627/140‑1 (MQ=255) cTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGt < 1:805011/140‑1 (MQ=255) tGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTa < 1:7812559/140‑1 (MQ=255) tGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTa < 2:7367621/140‑1 (MQ=255) tGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTa < 1:11241733/140‑1 (MQ=255) tGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTa < 1:11460770/140‑1 (MQ=255) tttGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAAc < 2:5669140/140‑1 (MQ=255) tttGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAAc < 1:8588590/140‑1 (MQ=255) tttGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAAc < 1:9001547/140‑1 (MQ=255) gCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCAt > 1:1524019/1‑140 (MQ=255) gaTAATTCATCGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATGTTGGTTAGCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGa < 2:4887846/140‑1 (MQ=255) gaTAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGa > 2:7950943/1‑140 (MQ=255) gaTAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGa > 1:5921002/1‑140 (MQ=255) gaTAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGa < 2:4249636/140‑1 (MQ=255) gaTAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGa < 1:706574/140‑1 (MQ=255) tAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAACTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGaca < 1:6278700/140‑1 (MQ=255) aTTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACAct < 2:6086130/140‑1 (MQ=255) aTTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACAct < 1:5304637/140‑1 (MQ=255) aCGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCtgtg < 1:1226173/140‑1 (MQ=255) tgtCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTa > 1:1448780/1‑110 (MQ=255) tgtCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTa < 2:1448780/110‑1 (MQ=255) tgtCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACaa > 2:8703342/1‑140 (MQ=255) tCAGGCCGTAAAACGCCTTAAATACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGTTATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATTCGACACTCTGTGACAATc > 2:201353/1‑140 (MQ=255) tCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATc > 1:6490130/1‑140 (MQ=255) tAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCtata > 1:7876435/1‑140 (MQ=255) tAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCtata > 2:2482441/1‑140 (MQ=255) tAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCtata > 1:5806584/1‑140 (MQ=255) tAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCtata > 1:9312266/1‑140 (MQ=255) tAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCtata > 2:10977299/1‑140 (MQ=255) aaaaaCGCCTTAAAAAAAGAGATAAAGTACGACTGGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCAACCTGAGGGATCTTTTTGTTATCCATCAATATCATCTGTACGGAGTAACGCATTCGACACTCTGTTTCAATCTGGCtagc > 2:8868636/2‑138 (MQ=255) cTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTAt > 1:351580/1‑140 (MQ=255) tAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTAttt > 2:8485029/1‑140 (MQ=255) gagaTAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCa < 1:2520115/67‑1 (MQ=255) gagaTAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTa > 2:3371782/1‑82 (MQ=255) acgTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTg > 2:6884213/1‑140 (MQ=255) gTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAg < 1:2429511/140‑1 (MQ=255) gTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAg < 1:239016/140‑1 (MQ=255) gTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAg < 2:4497741/140‑1 (MQ=255) gTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAg < 2:9057398/140‑1 (MQ=255) tgctgcTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGc > 1:1337310/1‑140 (MQ=255) tgctgcTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGc > 1:4774293/1‑140 (MQ=255) gctgctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTCTTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCa > 2:5577283/1‑140 (MQ=255) ctgctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAg > 1:7378777/1‑140 (MQ=255) tgctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAgg > 2:8203744/1‑140 (MQ=255) tgctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAgg > 2:2773185/1‑140 (MQ=255) tgctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAgg > 1:4340347/1‑140 (MQ=255) ctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt > 1:7226483/1‑140 (MQ=255) ctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 1:5473800/140‑1 (MQ=255) ctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 2:4110277/140‑1 (MQ=255) ctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 1:9580849/140‑1 (MQ=255) ctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 2:1313921/140‑1 (MQ=255) ctATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 2:511859/140‑1 (MQ=255) caagaGCCACAGAAGTGCGCCACCTGAGGGATATTTTTGTTATCCATCAAAAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACACTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 2:11494706/136‑1 (MQ=255) gCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGc > 2:4647922/1‑140 (MQ=255) gCCACATAAGTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTNTGTAGTTTCTTTTTGAGCTGGCTGGGGc > 1:6137675/1‑140 (MQ=255) cacaTAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCtt < 2:2348566/140‑1 (MQ=255) cacaTAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCtt < 2:1009350/140‑1 (MQ=255) acaTAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAAtt > 1:5993466/1‑116 (MQ=255) acaTAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCt < 1:4178345/132‑1 (MQ=255) acaTAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTa > 1:3143934/1‑140 (MQ=255) caTAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTaa < 2:7791216/140‑1 (MQ=255) aTAATTGAGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACTGAGTAACGCATACGAAACGCTCTGACAATCTGTCTATAGCTGGTATTTTCGTTAATTAATTTCTTTTTGAGCATGCTGGGGCTTaac > 2:9743290/1‑139 (MQ=255) tAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAAc > 2:6472480/1‑140 (MQ=255) aaTTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACa < 1:6953104/140‑1 (MQ=255) tGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAg < 2:9283815/140‑1 (MQ=255) ccACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAAt < 1:4548332/73‑1 (MQ=255) ccACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTgg > 1:882703/1‑123 (MQ=255) ccACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACACCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGaa > 2:3926260/1‑140 (MQ=255) ccTGAGTGATAGTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTACCGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTGCGTTTTTTAATTTCTTTTTGCGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTg > 2:3683742/1‑140 (MQ=255) gAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCg > 1:10205750/1‑140 (MQ=255) atTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAAtt < 2:1932609/92‑1 (MQ=255) tttttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCg > 1:3983260/1‑140 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCTTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 2:9432265/140‑1 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 2:10612969/140‑1 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 2:2568228/140‑1 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 1:2773185/140‑1 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 1:10869989/140‑1 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 2:5423563/140‑1 (MQ=255) tttGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCa < 2:5921002/140‑1 (MQ=255) | CCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGCTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGCGAACTGGCGACAATTCGCAG > NZ_CP025268/585192‑585465 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |