| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 630,861 | C→T | S640F (TCC→TTC) | cstA → | pyruvate/proton symporter CstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 630,861 | 0 | C | T | 99.9% | 3036.5 / NA | 790 | S640F (TCC→TTC) | cstA | pyruvate/proton symporter CstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (373/415); minor base G (1/0); total (374/416) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 790 total aligned reads displayed.
GACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCA > NZ_CP025268/630724‑630997 | aCCGCAGGCTGGCTGAAAGCGTTTAGCCCGGCTGCGAAAGTCGGCTTCCGGGCCATTGCTTCTAAGTTCCAGGCACTGTTCGACCGCGGCAATATTCCGTCGCAGTCTACGGAGTCACAGCTGGCGCACCTGGGGTGcaa > 2:2301524/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTGCGTCGCAGTATACGGAGTCACTGCTGGCGCACCTGGTGTTcag > 2:7796629/1‑139 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 1:3958028/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 1:11152289/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 1:9510994/1‑140 (MQ=255) cAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCaacaac < 2:3385931/140‑1 (MQ=255) ggCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTg > 2:4147034/1‑140 (MQ=255) aGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCg < 2:8263904/140‑1 (MQ=255) gCCCGGATGCTAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAAcc < 2:11558748/140‑1 (MQ=255) gCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAAcc < 1:5592326/140‑1 (MQ=255) gCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGGTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAAcc < 1:5022636/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCATCAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:4332620/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 1:9625009/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 1:775745/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:1740341/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 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tGCGAAAGTCTGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCATGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCAAAGCTGGCTCAAATGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAtcttct < 1:6256093/140‑1 (MQ=255) aaaGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAt > 1:2357807/1‑140 (MQ=255) aaGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtg < 1:345060/140‑1 (MQ=255) gTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtggt < 1:1173195/140‑1 (MQ=255) cGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtggtgg > 1:9806071/1‑140 (MQ=255) ccTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTGTATGGTGGTCgtgg > 1:1812141/1‑140 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1:2975111/1‑140 (MQ=255) tGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCGTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTgg > 1:854080/1‑140 (MQ=255) tGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCGTCTTGATGGTGGTCGTGGTGGGTCTgg > 1:7903734/1‑140 (MQ=255) gCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGc < 1:8182480/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:5983120/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:2537292/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:1177930/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:10966434/140‑1 (MQ=255) aaGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGtt > 2:7497701/1‑140 (MQ=255) cgtgccAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTtc < 1:6505053/136‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTtc < 2:4604849/140‑1 (MQ=255) ttCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTtctc > 1:11502098/1‑140 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ggCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGc > 1:10265190/1‑140 (MQ=255) ggCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGc > 1:4617232/1‑140 (MQ=255) ggCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGc > 1:10706286/1‑140 (MQ=255) ggCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGAAAACCATCTTCTTTATGTTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTGAGACGGCACAAGCGGCATTGAAAGATCAGAAGCCAACGGCTAAAGACACGc > 1:9273284/1‑140 (MQ=255) gcgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGcc < 2:566120/140‑1 (MQ=255) gcgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGcc < 2:3104616/140‑1 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTtc < 1:4194789/80‑1 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCg > 2:523002/1‑140 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCg > 2:10133091/1‑140 (MQ=255) cAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTa < 2:125109/140‑1 (MQ=255) cAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTa < 1:8472352/140‑1 (MQ=255) aCTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATg > 2:11102504/1‑140 (MQ=255) aCTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATg > 1:210378/1‑140 (MQ=255) tGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGaa > 1:3122271/1‑140 (MQ=255) tgtTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCa < 2:2015438/140‑1 (MQ=255) | GACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCA > NZ_CP025268/630724‑630997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |