Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 150,778 | C→T | A3T (GCT→ACT) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 150,778 | 0 | C | T | 99.9% | 5982.8 / ‑5.1 | 1553 | A3T (GCT→ACT) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (1071/479); minor base A (0/2); total (1072/481) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.59e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1553 total aligned reads displayed.
AAAGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGCCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAT > NZ_CP025268/150641‑150914 | aaGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCtt > 1:9794548/1‑140 (MQ=255) aTCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtttt > 1:1821919/1‑140 (MQ=255) tCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAttttt > 2:3739148/1‑140 (MQ=255) tCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAttttt > 1:531487/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |