Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,635,805 | G→A | intergenic (‑73/+16) | ydfI ← / ← ydfJ | mannitol dehydrogenase family protein/MHS family MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,635,805 | 0 | G | A | 99.6% | 843.4 / NA | 222 | intergenic (‑73/+16) | ydfI/ydfJ | mannitol dehydrogenase family protein/MHS family MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (158/63); minor base T (1/0); total (159/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GAGCCAGGTTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTAAACCA > NZ_CP025268/1635669‑1635941 | gAGCCAGGTTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTaagagaa < 1:10869246/140‑1 (MQ=255) gAGCCAGGTTAATAAGATCATAAACATGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCAGAACAATTCCATAAATATAAATATGGCAATCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTaagagaa < 1:8362795/140‑1 (MQ=255) gTTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACACGTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTa < 2:2627672/140‑1 (MQ=255) gTTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTa > 1:9021972/1‑140 (MQ=255) taAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGt < 1:6993995/140‑1 (MQ=255) aTCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAAATCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTACGGTAAGAGAATGGATTAAGGGTTTAc > 2:3161187/1‑140 (MQ=255) tCATAAACCGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCTCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACa < 2:5864785/140‑1 (MQ=255) tCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACa < 2:4996412/140‑1 (MQ=255) tCATAAACACGGAGTGACGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAACTATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACa < 1:7311297/140‑1 (MQ=255) tgAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGa > 2:10160095/2‑140 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taaatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAgcg < 2:9021972/140‑1 (MQ=255) aaatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAgcgc < 1:2836736/140‑1 (MQ=255) aatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCa > 2:5544987/1‑140 (MQ=255) tGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTa > 1:6796756/1‑140 (MQ=255) ggCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTaa > 1:309734/1‑140 (MQ=255) ggCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTaa > 1:4007900/1‑140 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atatGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTg > 1:11353605/1‑140 (MQ=255) tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCa > 2:652018/1‑140 (MQ=255) tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCa > 1:2537993/1‑140 (MQ=255) tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCa > 2:736953/1‑140 (MQ=255) aaTAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCAtt > 1:6270354/1‑140 (MQ=255) aTAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCAttt > 1:2376647/1‑140 (MQ=255) aaaaaTCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTc > 2:4191676/1‑140 (MQ=255) aaaaaTCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTc > 2:4027458/1‑140 (MQ=255) aaaaaTCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTc > 2:10889755/1‑140 (MQ=255) ccccTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCa < 1:6053626/140‑1 (MQ=255) ccccTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCa < 2:5072605/140‑1 (MQ=255) cccTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCag > 2:3455761/1‑140 (MQ=255) cccTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCag > 1:1709127/1‑140 (MQ=255) ctctCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCagag > 2:2574746/1‑140 (MQ=255) ctctCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCagag > 1:3456173/1‑140 (MQ=255) gctcctttAAGAGTAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTATTTCAACTCTCGGTTGATCTTCCGCATCGTCTTCGAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAgaga < 2:7188894/133‑1 (MQ=255) tcCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGAtt > 2:11377490/1‑140 (MQ=255) ccGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTa > 2:140292/1‑140 (MQ=255) ggTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACGCGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTaaa > 1:7079918/1‑140 (MQ=255) ggTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCCGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTaaa > 2:9465534/1‑140 (MQ=255) gTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTAAAc > 1:256014/1‑140 (MQ=255) tAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACct > 2:7488571/1‑112 (MQ=255) tAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACct < 1:7488571/112‑1 (MQ=255) tAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTAAAcc < 2:6752624/140‑1 (MQ=255) aaagagaagggATGAAGGGGTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTGCCAGCGCACTTAACTCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTAAAcc < 2:6860961/139‑1 (MQ=255) aagagaagggATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTAAACCa < 1:9672238/140‑1 (MQ=255) | GAGCCAGGTTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCAGAGATTAAACCA > NZ_CP025268/1635669‑1635941 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |