| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,897,215 | G→A | S278S (AGC→AGT) | yoaA ← | ATP‑dependent DNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,897,215 | 0 | G | A | 99.3% | 2651.9 / NA | 699 | S278S (AGC→AGT) | yoaA | ATP‑dependent DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (280/413); minor base C (1/4); total (281/418) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 721 total aligned reads displayed.
AGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCGCTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCAA > NZ_CP025268/1897078‑1897351 | cgTTTCGCCACGTCAAAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTGGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGAGCACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCAct < 2:7021030/139‑1 (MQ=255) gTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCActc > 1:636732/1‑140 (MQ=255) gCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGc < 1:11464541/140‑1 (MQ=255) ccACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCAct < 1:1661638/133‑1 (MQ=255) cATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGa < 1:7663998/140‑1 (MQ=255) aTAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGAt < 2:4628586/140‑1 (MQ=255) aaaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAgcg < 1:10328240/140‑1 (MQ=255) aaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAgcgc < 1:10736126/140‑1 (MQ=255) aaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAgcgc < 1:10971693/140‑1 (MQ=255) aaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAgcgc < 2:916594/140‑1 (MQ=255) aaGGTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAgcgc < 1:3567590/140‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCTCCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCa > 1:8336128/1‑140 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCa > 2:6400485/1‑140 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCa > 2:2025753/1‑140 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCa > 2:2742943/1‑140 (MQ=255) ttCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACt > 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cATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAActgc > 2:8080608/1‑140 (MQ=255) tCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAActgctg > 2:2612060/1‑140 (MQ=255) gAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTggg < 1:2515149/140‑1 (MQ=255) aGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGgt > 1:6774097/1‑140 (MQ=255) aGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGgt > 1:5874880/1‑140 (MQ=255) gCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGgtg < 1:394212/140‑1 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cGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGa < 1:2068298/140‑1 (MQ=255) ttAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGt > 2:4960128/1‑140 (MQ=255) ttAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGt > 1:9824583/1‑140 (MQ=255) aGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGa > 2:4184768/1‑140 (MQ=255) aaCAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTc > 2:6276266/1‑140 (MQ=255) aaCAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTc < 1:3759359/140‑1 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ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAAGTCGGTGCGGTAGGCGAGGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAg < 2:5851722/140‑1 (MQ=255) gATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGt < 1:4974542/140‑1 (MQ=255) gATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGt < 1:9439683/140‑1 (MQ=255) aTAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTc < 2:3476357/140‑1 (MQ=255) tAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTCGGCGATGGGGATGTCTTTTGCCAGGTCGTGCAGTTGTCg > 2:8217802/1‑140 (MQ=255) tAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCg > 1:5479992/1‑140 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(MQ=255) gcgcacTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCa < 1:4745588/140‑1 (MQ=255) gcgcacTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCa < 2:10733460/140‑1 (MQ=255) cgcacTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCaa > 1:844899/1‑140 (MQ=255) cgcacTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCaa < 1:10515912/140‑1 (MQ=255) cgcacTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCaa < 2:9860834/140‑1 (MQ=255) | AGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCGCTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCGGTAGGCGATGGTGATGTCTTTTGCCAGGTCGAGCAGTTGTCGACTGGAGAGTGACTGACCAAAATACTGGCTGGCAA > NZ_CP025268/1897078‑1897351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |