| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,016,740 | T→C | *105* (TAA→TAG) | fliE ← | flagellar hook‑basal body complex protein FliE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,016,740 | 0 | T | C | 99.6% | 1730.5 / NA | 496 | *105* (TAA→TAG) | fliE | flagellar hook‑basal body complex protein FliE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (318/176); minor base A (1/1); total (319/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 496 total aligned reads displayed.
GTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGA > NZ_CP025268/2016603‑2016875 | gTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTa < 2:1182190/140‑1 (MQ=255) ttATCGCGTATACGGATCGTGGATGGGAGTAATCGTTCAGGATCAGGTATCCTTTTTATACCAGTAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGTTGTAATTACCAACAGGTTTCAAAACCTac > 2:1991400/1‑140 (MQ=255) ttATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTAAAAAACCTac > 2:1617895/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTacac > 1:7064874/1‑140 (MQ=255) tataCGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCAt > 1:5611651/1‑140 (MQ=255) tataCGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCAt > 2:2106444/1‑140 (MQ=255) taCGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGc > 2:11212206/1‑140 (MQ=255) cGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCtc < 1:2938785/140‑1 (MQ=255) gATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCtcat < 2:3633328/140‑1 (MQ=255) aTCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCtcatc > 1:3920454/1‑140 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(MQ=255) ctggTGACCAAACCTACGCCTGCATGCTCCTCTCTTCCTGATACGCCGGCACCCGCTTATTACGCACCTGAATCCCCAGTGGGCTAGACCCTGCGGCTGTTTGCATATCGGGCAGCACGGCGTTTCTCGCCACGCGGGGt > 2:10656535/3‑140 (MQ=255) caGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGt > 1:5421736/1‑140 (MQ=255) gtgaCAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACAAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTATTGCAGATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCa > 2:9694471/4‑140 (MQ=255) gTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGACTCCCCATTTGCATAGAACCTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCa > 2:7678438/1‑140 (MQ=255) gTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCa > 2:3546994/1‑140 (MQ=255) gTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCa > 1:827342/1‑140 (MQ=255) gTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCa > 1:3774314/1‑140 (MQ=255) gTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCAGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTATAACGCCACGCCGGGTTCa > 2:6519197/1‑140 (MQ=255) ttACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCAc < 1:11259842/140‑1 (MQ=255) tACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCAcc < 1:2223390/140‑1 (MQ=255) | GTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGA > NZ_CP025268/2016603‑2016875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |