Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,026,925 | A→G | *90* (TAA→TAG) | fliQ → | flagellar biosynthesis protein FliQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,026,925 | 0 | A | G | 99.1% | 2341.0 / NA | 677 | *90* (TAA→TAG) | fliQ | flagellar biosynthesis protein FliQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (355/316); minor base T (5/1); total (360/317) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 677 total aligned reads displayed.
AACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAACCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAA > NZ_CP025268/2026788‑2027061 | aCGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATTATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCg < 1:8296019/140‑1 (MQ=255) aCGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCg < 2:3868443/140‑1 (MQ=255) gAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTa < 2:1836011/140‑1 (MQ=255) aaaTGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTAc < 1:3199719/140‑1 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTTTTCCGAAAATAATCGCCGTATTTAACGCCATTATTATTGCCTTACCGTGTATGCTCACTCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACAATGTTCACAAACCTGCCGTATATCATCGGGTATCAGTACTAt > 2:7990273/1‑140 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTAt > 2:5672796/1‑140 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACATGCCGTAGATCATCGGGTAGCCGTACTAt > 2:7529398/1‑140 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTACGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCAGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACtct > 2:692753/1‑138 (MQ=255) gCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTg < 2:7358865/140‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTg < 1:5309966/140‑1 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aaaaTCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCACTCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAAc < 1:10077801/140‑1 (MQ=255) aaaTCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACa < 2:4403316/140‑1 (MQ=255) atcatcGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAAt < 2:6851634/140‑1 (MQ=255) catcGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATgg < 1:10184766/140‑1 (MQ=255) catcGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATgg < 1:6999198/140‑1 (MQ=255) catcGCCGTATTTAACGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATgg < 1:7973145/140‑1 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cGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAAc > 1:6648580/1‑140 (MQ=255) tattattGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTAc > 1:1300694/1‑140 (MQ=255) ttattGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACtt < 1:2164119/140‑1 (MQ=255) gCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGc > 1:3569556/1‑140 (MQ=255) gCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGc < 1:10004702/140‑1 (MQ=255) gACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGtt < 1:5673425/140‑1 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tCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCAGTTACTGCGCGTGCTGgcg < 2:5037903/140‑1 (MQ=255) ttGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGa > 1:9443183/1‑140 (MQ=255) ttGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGa > 2:9176111/1‑140 (MQ=255) tGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAATCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGAt > 2:10308810/1‑140 (MQ=255) tGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGAt < 1:3945572/140‑1 (MQ=255) tGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGAt < 2:5368686/140‑1 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2:4127603/140‑1 (MQ=255) cTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACg > 2:3148153/1‑140 (MQ=255) cTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACg > 2:1533746/1‑140 (MQ=255) cTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCGATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACg < 2:9458888/140‑1 (MQ=255) aaCCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCa > 2:2673214/1‑140 (MQ=255) aCCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAg < 1:4673748/140‑1 (MQ=255) ccTGCGGTCTATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACACTGGCTATCCTGGTTACACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGAGTCTGAGCGAACGCAGc > 2:3527026/1‑140 (MQ=255) ccTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGc > 2:9336957/1‑140 (MQ=255) tGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGt > 2:527316/1‑140 (MQ=255) ccGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTAc > 1:6303440/1‑140 (MQ=255) ccGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCAGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGAGTCTGAGCGAACGCAGCGTAc > 1:9761721/1‑140 (MQ=255) atatCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGaa < 1:6437131/140‑1 (MQ=255) atatCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGaa < 1:4201534/140‑1 (MQ=255) tcatcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACg > 1:8841946/1‑140 (MQ=255) atcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACggg < 1:7324568/140‑1 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 2:6418215/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:754431/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 2:8935741/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:57901/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACAGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 2:9647626/1‑140 (MQ=255) ggTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTaaa > 2:9942878/1‑140 (MQ=255) gTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTaaaa < 1:4508188/140‑1 (MQ=255) | AACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAACCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAA > NZ_CP025268/2026788‑2027061 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |