| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 28,270 | T→C | intergenic (+62/‑105) | rihC → / → dapB | ribonucleoside hydrolase RihC/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 28,270 | 0 | T | C | 99.3% | 2088.7 / NA | 607 | intergenic (+62/‑105) | rihC/dapB | ribonucleoside hydrolase RihC/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (341/262); minor base A (3/1); total (344/263) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 620 total aligned reads displayed.
GTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATCGC > NZ_CP025268/28134‑28406 | gTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTg < 1:6797933/140‑1 (MQ=255) aCAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGtt < 2:9297886/140‑1 (MQ=255) aCAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGtt < 1:9847571/140‑1 (MQ=255) ggTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCTTGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTAt > 1:6068261/1‑140 (MQ=255) 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aCTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatgat > 1:5353140/1‑140 (MQ=255) aCTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTAATCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatgat > 2:205750/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTCTGCATGATGCaa > 2:11465325/1‑140 (MQ=255) tGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTG‑AAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAAc < 2:1641615/140‑1 (MQ=255) gCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAAc < 2:4530713/140‑1 (MQ=255) ttCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATcc > 1:3878441/1‑140 (MQ=255) cTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGt > 1:8847868/1‑140 (MQ=255) atatCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTCCTCTGAAATCGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGc > 2:4329389/1‑140 (MQ=255) atatCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACACAAGAGAATAGCTATGCCTGATGCAAACATCCGCGTTGc > 2:6051840/1‑140 (MQ=255) atatCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGc > 2:11315296/1‑140 (MQ=255) atatCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGc > 2:7869846/1‑140 (MQ=255) atCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCa > 1:5515936/1‑140 (MQ=255) tccctcccTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTCACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCAt > 1:8567347/1‑140 (MQ=255) tccctcccTGTTTATCATTAATTTATAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATTCATGATGCAAACATCAGAGTTGCCAt > 2:6655262/1‑140 (MQ=255) ctccctGTGTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCCTcgc > 1:1274069/1‑140 (MQ=255) | GTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATCGC > NZ_CP025268/28134‑28406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |