Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,785,155 | C→T | pseudogene (1594/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,785,155 | 0 | C | T | 99.7% | 2323.4 / NA | 608 | pseudogene (1594/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (297/308); minor base A (2/0); total (299/309) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 612 total aligned reads displayed.
CTACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGCCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGT > NZ_CP025268/2785018‑2785291 | tccATTTTGAGCTTCTGAATTACTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCt > 2:1228747/3‑140 (MQ=255) tACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCt > 2:6764451/1‑140 (MQ=255) tACATGTTTAGCTTCTGAAGTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCt < 2:10477842/140‑1 (MQ=255) aCATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTg < 1:6991641/140‑1 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 1:10008133/140‑1 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 1:5727141/140‑1 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa > 1:365396/1‑140 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 1:2522022/140‑1 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 1:8698908/140‑1 (MQ=255) tttAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCt > 2:372814/1‑140 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1:6325780/140‑1 (MQ=255) tGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAAcgc < 2:5364098/140‑1 (MQ=255) aaTTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTGGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAAcgccg < 1:234198/140‑1 (MQ=255) ttCCTGATGTAGAAAGCATCACCATCACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACgccgcc < 2:11416599/140‑1 (MQ=255) ttCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACgccgcc < 2:704428/140‑1 (MQ=255) aTGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattatt < 2:8046109/140‑1 (MQ=255) aTGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattatt < 1:4731185/140‑1 (MQ=255) aTGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattatt < 2:5785643/140‑1 (MQ=255) aGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGGTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGt < 1:11194500/140‑1 (MQ=255) gAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTc < 1:9995562/140‑1 (MQ=255) cATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTg < 2:4256922/140‑1 (MQ=255) aTCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGc > 1:5894186/1‑140 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tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 1:7915359/140‑1 (MQ=255) tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 1:5578077/140‑1 (MQ=255) tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGAGTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:5952220/140‑1 (MQ=255) tGGTTCCTTCGAGAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:6307293/140‑1 (MQ=255) ggTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 1:3834071/1‑140 (MQ=255) ggTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 1:10676155/1‑140 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tacgtgtTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACa > 2:2074559/4‑140 (MQ=255) aGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAAt < 1:4893421/140‑1 (MQ=255) ttCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGc > 2:160391/1‑140 (MQ=255) ttCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGc > 2:4200324/1‑140 (MQ=255) ccGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCtt > 2:11264379/1‑140 (MQ=255) ccGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCtt > 2:4756434/1‑140 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ggATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 2:7846889/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 1:7596078/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 2:2701400/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 2:3221145/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAATATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 1:7117514/140‑1 (MQ=255) gttgCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGtt < 2:8725326/140‑1 (MQ=255) cTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAg < 1:9571685/140‑1 (MQ=255) cAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGcc > 2:6702950/1‑140 (MQ=255) cAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGcc < 1:10403807/140‑1 (MQ=255) cAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCGTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGcc > 1:6626203/1‑140 (MQ=255) cATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACt < 2:7433709/140‑1 (MQ=255) tAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTc > 2:8446524/1‑140 (MQ=255) cTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTCTCTGTGTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCCGTATCAATGGTAGTATTTGTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAggg > 1:10919045/1‑138 (MQ=255) cTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGtt > 1:7297746/1‑140 (MQ=255) ccaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGcc > 1:1555186/1‑140 (MQ=255) ccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGt > 1:1435905/1‑140 (MQ=255) | CTACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGCCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGT > NZ_CP025268/2785018‑2785291 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |