Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,985,593 | T→C | *279* (TAA→TAG) | kduI ← | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,985,593 | 0 | T | C | 99.9% | 2588.1 / NA | 746 | *279* (TAA→TAG) | kduI | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (344/400); minor base A (1/0); total (346/400) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 746 total aligned reads displayed.
GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCT > NZ_CP025268/2985456‑2985729 | gTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTa > 1:3607797/1‑140 (MQ=255) caGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCAAGTATCACAACCAGTGACGACCGCACCTTTAACTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTAGTTTATGCCCTCAACTAgcgc < 1:10943543/140‑1 (MQ=255) cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCaaa > 2:4902236/1‑140 (MQ=255) cGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATc > 2:4650644/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCtt > 1:1197849/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCGTATTCGTGTATGCCCACAACTAGCGCAAATCtt > 2:8451470/1‑140 (MQ=255) ttGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCttt < 2:8677411/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTaa < 2:1973850/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTaa < 2:3523921/140‑1 (MQ=255) gcCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACg < 1:8439044/140‑1 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cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:3092490/140‑1 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAAATTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGAACATCTTTAACGGCcaca < 2:2286044/140‑1 (MQ=255) gCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTcc < 1:6770849/140‑1 (MQ=255) ccATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCa < 2:10392728/140‑1 (MQ=255) cATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCat < 2:7959389/140‑1 (MQ=255) aTCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCata > 1:1955030/1‑140 (MQ=255) tCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:5758754/130‑1 (MQ=255) cccTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATatca > 2:4451514/1‑140 (MQ=255) tGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTACAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATAtcatca > 2:10804529/1‑140 (MQ=255) tGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATAtcatca > 1:9143523/1‑140 (MQ=255) gACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCaa > 2:7535090/1‑140 (MQ=255) aCCCAGACCTGTAACACAACCATGGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTTAAATCAGAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATAACATCaaa < 2:11101563/140‑1 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2:9860878/1‑140 (MQ=255) cacaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCAc < 1:7396733/140‑1 (MQ=255) cacaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCAc < 1:4166074/140‑1 (MQ=255) caACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCg > 2:5301411/1‑140 (MQ=255) ccAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGAcc > 1:9405442/1‑140 (MQ=255) aGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCAt > 1:571230/1‑140 (MQ=255) gTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATg > 1:7255248/1‑140 (MQ=255) gTGACGACCGCAACTTTACCNTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTCACGGCCACATGGTNCATATCANCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATg > 1:6106286/1‑140 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGc > 1:5065379/1‑140 (MQ=255) gacgacCGCAACTTTACCTTCGAGAGATAATGAACTTAAAATCATAAATAGACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTATCGCAAATCTTTACCGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGTTTTTCACCGACCATGcc < 2:3006773/140‑1 (MQ=255) gacgacCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACCACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 2:1549981/140‑1 (MQ=255) gacgacCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAAAGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGAGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 2:10617405/140‑1 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(MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 2:10905947/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 2:6738214/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 2:7150133/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg < 1:3477787/140‑1 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACAGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 2:6150886/1‑140 (MQ=255) aTTCGTGTATGCCCACCACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCAGATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCACCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCgggg < 1:1819731/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAATTCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGGATACGCTGTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGga > 2:5535736/1‑140 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGgag > 2:1023328/1‑140 (MQ=255) cGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGgaga > 1:102743/1‑140 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGGTTTCACCGACCATGCCCCAGATCAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCa > 2:2519054/1‑140 (MQ=255) tATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCAc > 1:76569/1‑140 (MQ=255) tATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCAc > 1:4859921/1‑140 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc > 1:9676391/1‑140 (MQ=255) caACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCt > 1:9958143/1‑140 (MQ=255) caACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCAACGACCATGCCCCAGCTACAGGTATAAGATTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGTAGATCACCGCCTGCt > 2:621683/1‑140 (MQ=255) | GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCT > NZ_CP025268/2985456‑2985729 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |