Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,998,678 | T→C | *410* (TAA→TAG) | CXP41_RS15650 ← | IS3‑like element IS2 family transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,998,678 | 0 | T | C | 99.7% | 3653.5 / NA | 1063 | *410* (TAA→TAG) | CXP41_RS15650 | IS3‑like element IS2 family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (467/591); minor base A (3/0); total (472/591) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1063 total aligned reads displayed.
AGCTGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGC > NZ_CP025268/2998541‑2998803 | aGCTGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCta < 1:5957167/140‑1 (MQ=255) gCTGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCtat < 2:2093030/140‑1 (MQ=255) cTGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCtata < 1:6237526/140‑1 (MQ=255) tGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTatat < 2:12751/140‑1 (MQ=255) 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1:9505191/1‑140 (MQ=255) gTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAAt > 2:3173566/1‑140 (MQ=255) ttCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGCTGCCATTCGTTATCTTGCTCg > 2:10610357/1‑140 (MQ=255) ccAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa < 1:2938327/140‑1 (MQ=38) ccAATTGTTTAGTGGCTTTGCCCCTCTATGTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCCTTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGCTCACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa < 2:6616383/140‑1 (MQ=11) cAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTa < 1:1319807/44‑1 (MQ=255) tGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCct < 1:2685620/140‑1 (MQ=18) tttATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTaa > 2:2698721/1‑46 (MQ=255) tATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGc > 2:3091860/1‑140 (MQ=11) | AGCTGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGC > NZ_CP025268/2998541‑2998803 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |