Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,354,806 | A→G | *99* (TAA→TAG) | ghoS → | type V toxin‑antitoxin system endoribonuclease antitoxin GhoS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,354,806 | 0 | A | G | 99.7% | 1121.2 / NA | 323 | *99* (TAA→TAG) | ghoS | type V toxin‑antitoxin system endoribonuclease antitoxin GhoS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (60/262); minor base T (0/1); total (60/263) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
TCCTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAACCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACTTAGTG > NZ_CP025268/4354669‑4354942 | ccTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCa > 1:7733687/1‑140 (MQ=255) cTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCTAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCag < 1:6483392/140‑1 (MQ=255) cTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCag < 2:4992764/140‑1 (MQ=255) cTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCag < 1:3823552/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |