| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,206,865 | (T)6→5 | pseudogene (1043/1129 nt) | intE ← | site‑specific integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,206,860 | 0 | T | . | 99.6% | 6663.7 / 12.1 | 1387 | pseudogene (1048/1129 nt) | intE | site‑specific integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base . (492/887); total (496/891) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1499 total aligned reads displayed.
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2:1180626/1‑140 (MQ=255) tGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGa < 1:519204/45‑1 (MQ=255) ccAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCaa > 1:3714808/1‑140 (MQ=255) ccAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCaa < 1:6389704/140‑1 (MQ=255) ccAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCaa > 2:9541640/1‑140 (MQ=255) aaGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGTTCCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATg > 2:1535723/1‑140 (MQ=255) aaGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATg > 2:621827/1‑140 (MQ=255) aaGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATg > 1:10028522/1‑140 (MQ=255) | TTTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAA‑CCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTAT > NZ_CP025268/1206721‑1206997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |