| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,936,791 | (G)6→5 | pseudogene (1097/1180 nt) | purT → | formate‑dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,936,786 | 0 | G | . | 98.2% | 2877.2 / 32.9 | 614 | pseudogene (1092/1180 nt) | purT | formate‑dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/7); new base . (253/348); total (257/357) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 706 total aligned reads displayed.
ATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGATCGGGC > NZ_CP025268/1936647‑1936919 | aTGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTg < 2:6384815/140‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGCTTCTGCATTTATTCTGCCACAACTGACCAGACAGAATGACACGTTTGAAAATGTGCAGAAAGCCCTAGGCTCAGAAAATCATATTCGATAATATGGAAAGCACTAAATTGATGGCAACCGTCGTCTgggg > 2:6930759/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACACCTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGGGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 1:5376973/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg > 2:9102661/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:1383169/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:8474646/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg > 1:4850949/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg > 1:5475708/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGAGTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 1:9580130/140‑1 (MQ=255) gccTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:9236732/139‑1 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1:3306909/140‑1 (MQ=255) aTTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGTGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACg < 2:1705200/140‑1 (MQ=255) ttGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCt < 1:1242346/140‑1 (MQ=255) ttGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCt < 2:2009688/140‑1 (MQ=255) tGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTa < 1:2554617/140‑1 (MQ=255) tGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTa < 1:8675604/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 1:1826575/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 2:778454/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 1:3107214/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 1:863187/140‑1 (MQ=255) aTGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGACGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCt < 2:10921995/140‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGGGGG‑GGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGATCGGGc < 1:11413071/140‑1 (MQ=255) | ATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGATCGGGC > NZ_CP025268/1936647‑1936919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |