Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 581,197 | +G | intergenic (+50/+4) | CXP41_RS24355 → / ← CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 581,196 | 1 | . | G | 98.3% | 2604.1 / 29.6 | 760 | intergenic (+49/+5) | CXP41_RS24355/CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/6); new base G (432/314); total (440/320) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 778 total aligned reads displayed.
AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTC > NZ_CP025268/581057‑581330 | aGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGtt < 1:10229750/140‑1 (MQ=255) gCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTTCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑g < 2:8103277/140‑1 (MQ=255) gAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATTCATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑ggatgc < 2:4007940/140‑6 (MQ=255) tatCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTAttttt > 2:5788365/1‑140 (MQ=255) ttGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAg < 1:10579116/140‑1 (MQ=255) gCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCg < 1:3315836/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACCACAACTGCACCTGATAGTGCGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTAGGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACAGGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCGGAAGCGGaa < 2:10380842/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCCCCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:8985927/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:410400/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:3422965/140‑1 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gcaCGTCGTAAGCAAGACCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTATATCCTGAAGCGGAAACCATTACTACAGTACCTGGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATc < 2:10174513/140‑1 (MQ=255) aaGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGtt > 1:7055156/1‑140 (MQ=255) gCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTg > 1:8775048/1‑140 (MQ=255) aGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGtata < 1:9670034/103‑1 (MQ=255) aGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa > 1:10401447/1‑140 (MQ=255) aGAACATGCGGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGATAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa > 2:939594/1‑140 (MQ=255) gAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAAt < 1:4975503/88‑1 (MQ=255) gAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGctct > 1:11584529/1‑93 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg < 1:3478461/140‑1 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:9162871/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:11085121/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTAATTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCGTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGGTTGAAAAg > 2:3554036/1‑140 (MQ=255) tgctgcGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGc < 2:5699804/140‑1 (MQ=255) gctgcGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGtata < 1:2873696/96‑1 (MQ=255) gcGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCttt < 2:1687708/140‑1 (MQ=255) cGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTgaga > 1:8982678/1‑87 (MQ=255) | AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTC > NZ_CP025268/581057‑581330 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |