| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 939,446 | (A)7→8 | intergenic (‑289/‑255) | trxB ← / → lrp | thioredoxin‑disulfide reductase/leucine‑responsive transcriptional regulator Lrp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 939,439 | 1 | . | A | 96.8% | 3529.5 / 82.9 | 951 | intergenic (‑282/‑262) | trxB/lrp | thioredoxin‑disulfide reductase/leucine‑responsive transcriptional regulator Lrp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/18); new base A (250/668); total (263/688) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1182 total aligned reads displayed.
CTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCA > NZ_CP025268/939300‑939573 | ctGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag < 1:10603704/140‑1 (MQ=255) tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑‑a > 1:1083946/1‑140 (MQ=255) tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑‑a > 2:8285704/1‑140 (MQ=255) tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑‑a > 2:1508011/1‑140 (MQ=255) tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑‑a > 1:1786710/1‑140 (MQ=255) tGCGACTTATATTTCCCGCTTTATAAGACGTTTAAATGATGATTAAACGAGCCTGTTAATGAATCTCTGGCTTGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTGTGACAATCCACTGGTGTTTTGCGAAAGCATTCGAGgaag‑‑a > 2:2010749/1‑140 (MQ=255) aCTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACTCCCCTGTTAATGAATATCGGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGGTTTGCGACAACATTCGAGGACG‑‑aa‑aa‑a > 2:2822144/1‑140 (MQ=255) aCTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑a > 2:9284902/1‑140 (MQ=255) aCTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑a < 2:7757120/140‑1 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaa < 1:6481780/140‑2 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaa > 1:8818470/1‑139 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTTTATAAGCAGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAATATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaa < 2:7212428/140‑2 (MQ=255) aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaaca < 2:4029616/140‑4 (MQ=255) aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaaca < 2:9565697/140‑4 (MQ=255) aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaaca < 1:8266175/140‑4 (MQ=255) 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tttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑aa‑aaaacagt < 1:5503858/140‑6 (MQ=255) ttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTa < 2:1802064/140‑1 (MQ=255) ttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTa > 1:4851637/1‑140 (MQ=255) ttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTa < 1:5128377/140‑1 (MQ=255) ttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTa > 1:7495231/1‑140 (MQ=255) tCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTAt > 2:5461139/1‑140 (MQ=255) ccGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTc > 1:11070528/1‑140 (MQ=255) tttATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACTATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTtat < 2:4145981/140‑1 (MQ=255) tttATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTtat < 2:5822209/140‑1 (MQ=255) ttgataATCCGATTAAATGATGATGACACGCCCATGTTAATGAATATGTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTtat < 2:6306863/137‑1 (MQ=255) ttATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTtata < 1:593321/140‑1 (MQ=255) tataAGCCTATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTatat < 1:2321051/140‑1 (MQ=255) tataAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTatat < 1:3753793/140‑1 (MQ=255) tataAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTatat < 2:693640/140‑1 (MQ=255) ataAGGCGATTAAAGGATGAATAAACGCCCCGGTTAATGAAGATCTGGCATGTTGGACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCGGGTGTTGGGGGTATACATTCGCGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATGCTTATTTg > 2:5699365/1‑140 (MQ=255) taAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATgc < 1:1605573/140‑1 (MQ=255) aaGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATgcg < 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1:1191200/140‑1 (MQ=255) tttGCTTTGACAAGCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑AA‑AACAAACAGTATTCTTATATGCGCAGAACCAGGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTCGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCa < 2:8408082/140‑1 (MQ=255) tGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGa > 2:6435588/1‑140 (MQ=255) gACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGAt < 1:9837841/140‑1 (MQ=255) tgtGCGCAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTAGTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGTCAGACGCCATTCGTGATGTCGAGAGCTGCcaca < 2:258367/138‑1 (MQ=255) tGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAg > 2:4326684/1‑140 (MQ=255) 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1:3463321/140‑1 (MQ=255) | CTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑AA‑AA‑AAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCA > NZ_CP025268/939300‑939573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |