| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 183,437 | +A | coding (1144/1212 nt) | cdaR → | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 183,437 | 1 | . | A | 98.9% | 2427.9 / 12.0 | 648 | coding (1144/1212 nt) | cdaR | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base A (369/266); total (376/272) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 684 total aligned reads displayed.
GCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑G‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183298‑183570 | gCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑g > 1:3345724/1‑140 (MQ=255) cAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑ga > 1:1605234/1‑139 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatgaa < 2:2857284/140‑6 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAaga > 1:5272735/1‑140 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAaga > 2:2636998/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGc < 1:7032082/140‑1 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGc > 1:3779924/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGc < 2:5665686/140‑1 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGc > 1:1975250/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGc > 2:11148704/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTAATCGTAATACCCAGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGTGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGc > 2:636806/1‑140 (MQ=255) cAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCgg < 2:2063937/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAATGTCGTTGTTTATTCATCGTAATAACCTGGAGTATCGGCTTAATAGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGTTCAATTTTGATTACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCTTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 1:8886161/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 1:4892124/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 2:10883445/140‑1 (MQ=255) cGTCAAAGGCGTTGTTTCTTCATCGTAATACCCTGGAGTATAGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTTCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTag > 2:5240151/1‑139 (MQ=255) gTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTagg > 1:3585483/1‑138 (MQ=255) tCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATCTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGt < 1:10821036/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 1:9554172/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 2:5536423/140‑1 (MQ=255) gCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCg < 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gTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcggc > 1:10041010/1‑140 (MQ=255) gTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcggc > 1:4147510/1‑140 (MQ=255) gTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcggc > 2:8179910/1‑140 (MQ=255) gTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcggc > 2:7361792/1‑140 (MQ=255) ttaTACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:10494855/138‑1 (MQ=255) tactACCCTGGAGTATCGGATTAATAGTATATCGCAACTGACCGGGCTTTATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTTCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:8537932/137‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 2:10354337/140‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:1892534/140‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 2:2764635/140‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTGAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:453049/140‑1 (MQ=255) tccccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCGTGATTTGGGCAAGTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGgcgcgg < 2:4396228/138‑3 (MQ=255) atcccTGGATTTTCGTCTTAATCGATAATCGGAACTGACCCTTCGTGATTTGGCCAATTTAGATTACAGGTTTCTGGTGTATGATGCGTTAATACAGCA‑TGTTGAGGGGTTGTTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTg < 2:7979126/138‑1 (MQ=255) cccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 2:616118/140‑1 (MQ=255) cccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGAATTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 2:6843291/140‑1 (MQ=255) ccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 1:2669540/139‑1 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa < 1:10985238/140‑1 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 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1:11411346/1‑140 (MQ=255) gAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAggg > 1:8721569/1‑140 (MQ=255) aCTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGa < 1:2440050/140‑1 (MQ=255) aCTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGa > 2:1328092/1‑140 (MQ=255) aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGc > 2:1608071/1‑140 (MQ=255) ccGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGcc > 2:775046/1‑140 (MQ=255) ccGGGCTTGATTTGGGCAATTGAGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGcc < 1:10181942/140‑1 (MQ=255) ggCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGa > 1:6508286/1‑140 (MQ=255) gCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGaa > 1:2317483/1‑140 (MQ=255) cTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAAt < 2:251148/140‑1 (MQ=255) tGGGCACTGTGGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTCCCACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGTCTCATTCCCCTCAGCCCGACGGGTAGAGGGGAATGCCCGACTTAACCGt < 2:4101252/140‑1 (MQ=255) ggCACTTGTGCTGACAGGTTGCTGATGTATGTGGCGTTACAACGG‑GATGACGAGCGGTAGGTGATGCGGTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAGGGGGAGAGGGGACTGCCCGACGTAACCGTCa > 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tgTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGtt > 2:8604338/1‑140 (MQ=255) aTGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGttttt > 2:9136943/1‑140 (MQ=255) tgtgGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGACGGGGTGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGAGTTAGTTTTTc > 2:7163757/1‑140 (MQ=255) ggCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAg > 1:4423236/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCTTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGAGTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 2:2263831/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 1:9966870/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 1:6106879/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 1:3134363/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 2:7086242/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:8349259/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 2:3241420/1‑140 (MQ=255) cAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCt > 2:11371573/1‑140 (MQ=255) aaCTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCtt < 2:11273378/140‑1 (MQ=255) | GCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑G‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183298‑183570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |