| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,033,768 | (C)5→6 | pseudogene (190/920 nt) | yedA → | drug/metabolite exporter YedA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 96.3% | 1891.7 / 59.1 | 571 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (13/8); new base C (254/289); total (272/299) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 639 total aligned reads displayed.
TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033624‑2033897 | gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:2506732/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:7169522/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATGTTTGATACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:6866861/1‑140 (MQ=255) atctcctttGGGGCACAACCTATCTGGTCCTTCGGAATGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAAAGATGGCGGGCGTTCGATGCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc < 2:8093614/134‑1 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc > 2:5174299/1‑140 (MQ=255) tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc‑ccgcta > 2:10158056/1‑135 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGACAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGt > 2:8523841/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACga > 1:3410974/1‑139 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGt > 1:5217878/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGt > 1:7907500/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGt > 2:1534031/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc‑ccgct > 1:1912743/1‑132 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc‑ccgct < 2:1912743/136‑5 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAAAGATGGCGGGCGTTCGATTCATGGCAGCCGGTATTTTATTGCTTGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGt > 2:2129909/1‑140 (MQ=255) ggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTcc > 1:9174609/1‑140 (MQ=255) ggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTcc > 1:11292574/1‑140 (MQ=255) gCTCAACCTATTTTGTCCTTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCg < 2:5031314/140‑1 (MQ=255) cAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCgctg > 2:3651205/1‑140 (MQ=255) aCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCgctgct < 1:10727912/140‑1 (MQ=255) ttttGTCAGTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCCC‑CAGCTACGTCCGCTGCTCAATg < 1:701026/140‑1 (MQ=255) gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 1:1039289/140‑1 (MQ=255) gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 2:3940323/140‑1 (MQ=255) gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATATTATTGATGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCGGCTCAATGCcgc > 1:429831/1‑140 (MQ=255) tCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgcg < 1:4952229/140‑1 (MQ=255) cATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc > 1:3624307/1‑140 (MQ=255) cATTCGGAGTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc < 1:151752/140‑1 (MQ=255) aTTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTCTTGTAGTGCTGGCATTTTTGCGACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTCCGCCCGCTGCTCACTGCCGCGCt > 2:11310496/1‑140 (MQ=255) ttCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTg > 1:10880637/1‑140 (MQ=255) ttCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTg > 1:8263028/1‑140 (MQ=255) gATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTg < 2:8346787/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTGGACAGCTGGCCTCCGGTAATGATGGCGGGCGTTCGATGCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTGGCTACTGCGCGGACACAAACGC‑CCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATGGGc < 2:4841149/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTACTGAGGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCACTGCCGCGCTGATTGGc < 2:9544951/140‑1 (MQ=255) tGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGcc < 2:6960681/140‑1 (MQ=255) ggCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCt < 1:10132631/140‑1 (MQ=255) gCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTg < 2:7378532/140‑1 (MQ=255) gAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTAtt < 1:11582980/140‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTg < 1:10976565/140‑1 (MQ=255) aGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGGTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTTCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgct < 1:9485411/140‑1 (MQ=255) cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:550240/140‑1 (MQ=255) cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg > 2:1646906/1‑140 (MQ=255) cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 1:8018584/140‑1 (MQ=255) cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTAGTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:2696329/140‑1 (MQ=255) ggCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTTGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGATACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctggct < 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aaaC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTACTGCTGGCTGTCGGTAATGGCAAGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 1:2947613/140‑1 (MQ=255) aaaC‑TCCCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGACTGTTAGTGCTGGCTGTCGGCAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGcc < 2:7830560/140‑1 (MQ=255) | TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCCC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033624‑2033897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |