| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 96.4% | 2921.9 / 90.1 | 870 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/13); new base C (404/435); total (422/448) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 944 total aligned reads displayed.
GGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑CCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786272‑2786545 | gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑c > 2:5501948/1‑140 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑ccc < 2:8904905/140‑1 (MQ=255) accaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑cccccgt < 2:4699016/140‑4 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑cccccgtca > 2:3656011/1‑135 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATg < 1:2529757/140‑1 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCGGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑cccccgtcagg > 1:4230356/1‑133 (MQ=255) aaTGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGaa < 2:4358647/140‑1 (MQ=255) gAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAAGTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTg > 1:10777509/1‑140 (MQ=255) aGTATTCCATTCGCACTACCTCCCTCTACGAGTGACGCACCGCCCATACTTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTTCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGa < 2:2965678/140‑1 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACt > 2:9374545/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCCCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATAGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACt > 1:5057807/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTTGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGt < 2:7488111/140‑1 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCACTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGt < 2:6639266/140‑1 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGACCTTAAATGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGACCTGATTGCCACTCACGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGt > 2:10775014/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGACGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 2:10965796/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 1:7765494/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTAGAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 2:7952776/140‑1 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 1:6846598/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 1:7255070/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAGACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 2:5059371/1‑140 (MQ=255) ctccctccCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTACTTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGtt < 2:11178935/140‑1 (MQ=255) ctccctccCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGtt < 2:2303980/140‑1 (MQ=255) ctccctccCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTGATATACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGtt < 1:5890726/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:3520485/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:402040/140‑1 (MQ=255) cctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAAt < 1:1532955/140‑1 (MQ=255) ctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATg > 2:1884314/1‑140 (MQ=255) ctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATg < 1:6174207/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTTCCACCGTTAATGGTTg < 1:7022475/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:9146943/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:6120060/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:322502/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:9284695/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:5992251/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:10140325/140‑1 (MQ=255) tACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtat > 1:6398320/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:10899770/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:11556990/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCCCCGTTAATGGTTGTATTATTAGcg > 1:10170945/1‑139 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:11474966/1‑140 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGACTTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca < 1:10432128/140‑1 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca < 1:5350383/140‑1 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca > 2:166321/1‑140 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca > 2:1202999/1‑140 (MQ=255) cccTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCAGGAATTGACTGTCTGCCACCGGTAATGGTTGTAGTATTAGCCTGCCCcac > 1:461985/1‑140 (MQ=255) ttAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaa > 1:8538007/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTATTGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 2:4547392/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:8738867/1‑140 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 2:6353663/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:5924750/140‑1 (MQ=255) ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACt > 2:7364519/1‑140 (MQ=255) tGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt < 2:3906617/140‑1 (MQ=255) tGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt < 2:151439/140‑1 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCta > 1:9903960/1‑140 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCta < 2:9153323/140‑1 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCta > 2:3463524/1‑140 (MQ=255) cTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCtat < 1:7483867/140‑1 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTatata > 2:9527496/1‑139 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt > 2:10514353/1‑140 (MQ=255) cccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat < 2:11499294/140‑1 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 1:8940799/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAAAGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGAACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCACCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat < 2:7655217/140‑1 (MQ=255) taAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCTTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccacc < 2:8273914/140‑1 (MQ=255) aaaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTTCCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGTATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccacca < 2:4103236/140‑1 (MQ=255) aaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAg > 1:2171073/1‑140 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:8248855/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAt > 1:9463125/1‑140 (MQ=255) cGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAt > 1:5679003/1‑140 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa > 1:11325181/1‑74 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:9810591/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTGAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:5236969/1‑140 (MQ=255) ccTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCtata < 2:7091760/119‑1 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa < 2:6837637/140‑1 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 1:4843278/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTAGATATCCACCAGATTCaa > 2:8499842/1‑140 (MQ=255) tGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAAt < 1:2886312/140‑1 (MQ=255) atggCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATaa < 2:7794915/137‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGTAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATAAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:6540733/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:6591301/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc > 1:10566970/1‑140 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:2779167/140‑1 (MQ=255) ccACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACt > 1:3260981/1‑140 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 1:5540938/140‑1 (MQ=255) tcGATTGTCTTACGTGTGGAAATA‑CCCCGGTCATGATTTGACTGTCTGCCTCGGTTTTTGGTTGTATTTTTAGCCTGCCGCACTAATTTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCAACTAGTTTCAATAAGACTTCCAtt < 2:8041946/140‑1 (MQ=255) gATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAg < 2:4432550/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc > 1:4413213/1‑140 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:2248383/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:11102208/140‑1 (MQ=255) cGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAccc > 1:7963119/1‑140 (MQ=255) tACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCg > 1:3155524/1‑140 (MQ=255) tACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCg > 2:11374681/1‑140 (MQ=255) aCCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGc < 1:9612358/140‑1 (MQ=255) aCCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGc < 1:3425999/140‑1 (MQ=255) ccTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGcc < 1:8419535/140‑1 (MQ=255) ccTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTGAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGcc < 2:10304043/140‑1 (MQ=255) tgtgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAt > 2:2519663/1‑140 (MQ=255) tgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGa > 2:10613634/1‑140 (MQ=255) tgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGACACCGTTAAGGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACAACCTATATCTAGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAAGa > 1:1862995/1‑140 (MQ=255) ggAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:2673278/130‑1 (MQ=255) aaaTACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACa < 1:10044493/140‑1 (MQ=255) | GGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑CCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786272‑2786545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |