| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,851,714 | +C | pseudogene (345/1502 nt) | uhpB ← | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 99.3% | 1869.4 / 3.9 | 539 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (278/257); total (282/257) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 632 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 | ggCGAGATTGTGCCAGTACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCTGTTAAAGTCTGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCATCAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:913678/140‑1 (MQ=255)ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:7310392/140‑1 (MQ=255)ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:9405860/140‑1 (MQ=255)ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGACAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCAGTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAACGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:3760426/140‑1 (MQ=255) 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1:6307122/1‑140 (MQ=255) ggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTCACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCCGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTCAACTACCGATCATCAAGAACGGaca > 2:8405555/1‑138 (MQ=255) ggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaaa > 1:8722403/1‑140 (MQ=255) gACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGt < 1:9082392/140‑1 (MQ=255) gCAACAACGCCGCCTCCGTGAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATCGCGCGAGTTCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGGAAACTACCGTGCCGCATTAACGGAAATTGGGTTaag > 2:7106972/1‑139 (MQ=255) gCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACCGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGAGATAGCGCGAGATCAGCGATACGGGCAGTAACGTCAGTAATCTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTaaa < 2:2039296/140‑1 (MQ=255) cacaaacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTACCGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGACAATGGGTTAAac > 1:646645/5‑140 (MQ=255) caacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccga < 1:2059439/140‑1 (MQ=255) cgccgccgcCGTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccgaccg > 2:441272/1‑140 (MQ=255) gccgccgTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTg > 2:4548428/1‑140 (MQ=255) cgccgTTAACGCCGCCC‑CC‑TGTAACATCAAGGTGAGCCAGTCACGCTGATGGAGATCGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGTAAAATGGTTTAAACCTACCGCCTGCg < 2:1165271/140‑1 (MQ=255) cgccgGTAACGCCGCCC‑CC‑AGTACCCGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCACTAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCg < 2:11248270/140‑1 (MQ=255) cgtgcaCGCCGCCC‑CC‑TGTACCAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGCTGGCGATCGCGCGAGAGCAGCGCGACGGGCAGTCACGTCAGTACACTACCGATCATCAAGAACGGATAATGGTTTAAACGGCCCGCCTGAGTTa < 2:2857308/135‑1 (MQ=255) | GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CC‑CC‑TGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |