Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,474,461 | 0 | C | A | 31.0% | 86.7 / 12.6 | 73 | Q433K (CAA→AAA) | CXP41_RS13000 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/21); new base A (22/0); total (52/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGA > NZ_CP025268/2474331‑2474598 | cctatCTCAATTATACGTGTCATTTTTCGGGGCAGGATCAAGAGATATAAGCAAGCAGTTAATTGGAATGAATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTGATAAAATAATTCAAAGAAATc < 2:6655510/138‑1 (MQ=255) atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAtaaataaat > 1:6918035/1‑139 (MQ=255) ctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAGAAATAAATAc > 1:6507907/1‑140 (MQ=255) ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATat > 2:6357594/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCGTATACATAACTGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGACATCAAGACAATAGCGATGTTAAGCACTAAGGTTAAATTgcgcgc > 2:1860749/1‑140 (MQ=255) agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGcc > 2:10362125/1‑140 (MQ=255) agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGcc > 2:9237280/1‑140 (MQ=255) tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAg < 1:453059/105‑1 (MQ=255) tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAg > 2:453059/1‑105 (MQ=255) tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAAt > 2:2025329/1‑140 (MQ=255) tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCaaa > 2:3920612/1‑139 (MQ=255) tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAAAATCGATTTAAAACAATAAGTTTAAATTTAGCGCCAAt > 1:8306640/1‑140 (MQ=255) ttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAAAAGCGAAGTAAAGAACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATc > 2:8422338/1‑140 (MQ=255) ttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAATACAATAGCGATGTTAAGCACTAAGTTTTAATTGCGCGCCAATc > 1:6023128/1‑140 (MQ=255) ttAAGCAAGCAGTTATGTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACTGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAATGAAATCAAGACAAAAGCGATGTAAAGCCCTAAGTTTAAAATGCGCGCCAATc > 2:834379/1‑140 (MQ=255) tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAATAAAAAAAGACAAAATAGATGTTAATCACAAATTTTTAATTtcgcgggcctca > 1:3788727/1‑133 (MQ=255) tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGAGCGCCAATCa > 2:11348310/1‑140 (MQ=255) caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgc < 1:665659/140‑1 (MQ=255) gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAATACAATATCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTAGCGCCAATCATTgcgcg > 1:11303329/1‑140 (MQ=255) gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAAAATCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCAGTgcgcg > 1:11364182/1‑140 (MQ=255) gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGAAAATATCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGgcgcg > 2:678760/1‑140 (MQ=255) atttatttTGATTTTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGca < 1:6357595/140‑1 (MQ=255) atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGca < 1:9237281/140‑1 (MQ=255) ttatttGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 1:4198464/140‑1 (MQ=255) ttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 1:10362126/140‑1 (MQ=255) ttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 2:8704432/140‑1 (MQ=255) tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATTATTAAAATAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCAAAAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCCCaa > 1:3346630/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa > 2:5131025/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa > 2:10417287/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAAAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGAGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa > 2:10207114/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAATAAAATATCGATGTAAATCAATAATTTTAAATTTCGCGCCAATAATTGCGCGCACAAGCTataa > 2:8075292/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATATCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGAGAGCACAAGCTataa > 2:9638914/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAAAATCGAGTTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa > 2:10206781/1‑140 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAAAAAAAGAAAAAAAAACAATAACCATGTAAAACAATCATTTTAAATTTCGCGCCACACATGGCGCGCACAACCTataa > 1:8986451/1‑140 (MQ=255) gTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 1:4560542/140‑1 (MQ=255) ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGAGGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACCAGCGATAATACCAACCt > 1:7677403/1‑140 (MQ=255) ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTATTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 1:11453599/140‑1 (MQ=255) tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTGAAAGAAATAAAGACAATATCGATGTAAAGGACTAAGTTTAAATTTGGCGCCAATAATGGGGCGCGCAAGGTGTAATAACAAACTGAttt > 1:8427590/1‑140 (MQ=255) gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAATAAAATAGCGATGTAAAGCACGAAGTTTAAATTTCGCGCCCAACATGGCGCGCACAAGCTATAAAACCAACCAAAtttat > 1:7840661/1‑138 (MQ=255) ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:11620123/140‑1 (MQ=255) ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:4307345/140‑1 (MQ=255) ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:3788726/140‑1 (MQ=255) ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:4028316/140‑1 (MQ=255) tGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATTATTGAAAGAAATAAAGACAAAAGCGATGTAAAGCACAAAGTTTTAATTGCGCGCCAATCATTGCGCGCCCCAGCGATAATACCAACCTAATTtctacacca > 1:11194615/1‑134 (MQ=255) taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGTGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTaga < 2:9395645/140‑1 (MQ=255) taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGACAAAATCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCCATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCAAATTTCTCCACCTCTTaga > 1:963279/1‑140 (MQ=255) taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAATTTTAAATTTCGCGCCAATAATGTCGCGCACAAACTATAAAAACAACCAAATTTATCCTCCTCTTagt > 1:885803/1‑139 (MQ=255) taCAAAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAATTCAAGATCGCTGTAAAGCCCTAATTGTAAATTGCGCGCCAATCAAGGCGCGCACAAGCAATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTaga > 2:10452994/1‑140 (MQ=255) tAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAAAACCAACCAAAATTCTCCTCCTCTTAGAGTGa > 2:3105156/1‑140 (MQ=255) aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAATCAATTAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGAc > 2:6835781/1‑140 (MQ=255) aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAGTGCGCGCACAACCTATAATAACAACCAAAATTATACTGCTCTTTGAGTGAc > 1:6839906/1‑140 (MQ=255) aCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAAAAGCGATGTAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCAAAAATGGCGCGCACAAGCTATAATACCCACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTgccg > 2:8397897/1‑137 (MQ=255) cAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGAAAAAATCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTATCCTACTCTTAGAGTGACta > 1:703287/1‑140 (MQ=255) cAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAAAAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCCCGCACAAGCTATAATACCAACCAAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTTACta > 2:7420253/1‑140 (MQ=255) cAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAATAAAACAAGACAATAGCGTAGTAAAGCACAAAGTTTAAATTGCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAACTAATTTCTCCTCCTCGTATTGTGAcga > 1:6936342/1‑138 (MQ=255) gTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTATACTCCTCGTAGAGTGACtata > 2:7911122/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATTATTAAAATAAAAAAAGAAAATAGCGATGTAAATCAATAAATTTAAATTGCGCGCCAAAAAATGCGCGCACCAGATATAATAAAAACCAAATTTATACTCCACTTAGAGTGACTatat > 2:5368566/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAATAAAATAGCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATAATTGCGCGCACAAGCTAAAATACCAACCAAAATTATCCTACTCTTAGAGGGACTatat > 2:5813751/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATATCGATGTAAATCACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTatat > 2:5039896/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCTAATTTAACATCCACATATAGTGACTatat > 2:8442529/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCCTGGCGCGCACAAGCGATTATTCCAACCTAATTTCTCCTCCTCTGAGAGTGACTatat > 2:888178/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTCAAAGAAATCAAGAAAAAAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAAACAAGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCTAATTTCTCCACCACTTAGAGTGACTatat > 2:8263576/1‑140 (MQ=255) aaTTTATAAAATCATTCACAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 2:6790932/140‑1 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACACTAGCGATGTAAAGCACTAAGATTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCGACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 1:6466933/140‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAGTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 1:2142031/140‑1 (MQ=255) ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:2437059/1‑140 (MQ=255) ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:4155659/1‑140 (MQ=255) | AATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGA > NZ_CP025268/2474331‑2474598 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |