| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,161,210 | A→G | *270* (TAA→TAG) | pabC → | aminodeoxychorismate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,161,210 | 0 | A | G | 99.8% | 2170.3 / NA | 631 | *270* (TAA→TAG) | pabC | aminodeoxychorismate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (328/301); total (330/301) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 631 total aligned reads displayed.
GAGTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAATCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTG > NZ_CP025268/1161073‑1161344 | tCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATg > 1:11602663/1‑140 (MQ=255) tCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCACCTTTTAGTCAGCAAAGTTATATGAAAATTTAGCCCCACTTTTTGAGCGCCCGAAATAGTCATg > 1:363403/1‑140 (MQ=255) tCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCACTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACGTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATg > 1:5476283/1‑140 (MQ=255) gTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATTCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTATCCATTTAGTCAGCCACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATGaa > 1:2507764/1‑140 (MQ=255) 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2:8214151/140‑1 (MQ=255) ttGTGAGCGCCCGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGAGAATCTTGTGATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGGTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGAc < 2:6458454/140‑1 (MQ=255) tgAGCGCCCGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCGTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCGGGTGTGGGCGTCGGGAAGGTTCGCCTTCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGat > 2:9276190/1‑140 (MQ=255) gcCCGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAATGAAGAGACGATATTTa > 2:5512059/1‑140 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc > 1:10046427/1‑140 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGGACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc < 1:11013252/140‑1 (MQ=255) ccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAcc < 1:10721374/140‑1 (MQ=255) cGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAccc < 1:4635882/140‑1 (MQ=255) gAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCt < 2:10368984/140‑1 (MQ=255) | GAGTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAATCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTG > NZ_CP025268/1161073‑1161344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |