| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,432,730 | C→A | R272R (CGG→CGT) | CXP41_RS07635 ← | IS5‑like element ISKpn26 family transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,432,730 | 0 | C | A | 99.2% | 1238.6 / NA | 532 | R272R (CGG→CGT) | CXP41_RS07635 | IS5‑like element ISKpn26 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base A (312/212); total (318/214) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 532 total aligned reads displayed.
TTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTG > NZ_CP025268/1432594‑1432866 | tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGAt > 2:11470894/1‑140 (MQ=255) tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGAt > 2:1103107/1‑140 (MQ=255) gTCCACCCGAACCAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc < 2:4867407/140‑1 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTCTCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc > 2:7945013/1‑140 (MQ=255) 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aaTAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGc < 1:3717347/140‑1 (MQ=12) ctAACATCGCCCGTGGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTAGCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGCTGCTGGCGTGCCTGTATTCGAGGTTGGTGGcc > 2:6179851/2‑140 (MQ=11) aTAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGcc > 1:5028006/1‑140 (MQ=12) aTAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGAAGCCCCTTGTATCTGGCGTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAAGGGGTGCTCCACCCTGGCACGGTTGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGcc > 2:5600299/1‑140 (MQ=11) tAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCg < 1:2762818/140‑1 (MQ=12) aTCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGTTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGtttt > 2:9398281/1‑140 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cgggTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGNCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCa < 1:6278980/139‑1 (MQ=11) cgggTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCa < 1:7133955/139‑1 (MQ=11) gCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGctcc > 2:8270749/1‑140 (MQ=11) tCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGc > 1:3525153/1‑111 (MQ=11) cccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgc > 1:6845866/1‑140 (MQ=11) cccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgc < 1:4631317/140‑1 (MQ=11) cccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGATGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGAATCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGATCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgc > 2:5743581/1‑140 (MQ=11) ccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTAGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgcg > 2:4111111/1‑139 (MQ=11) cTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTCGTCGAGGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCGTCATGGTTTTTACCTTGCAGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCtg > 2:7153519/1‑140 (MQ=11) tGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCtgt > 1:9352078/1‑140 (MQ=11) | TTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTG > NZ_CP025268/1432594‑1432866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |