| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,518,287 | C→T | P218S (CCC→TCC) | ydcT → | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,518,287 | 0 | C | T | 99.7% | 2807.8 / NA | 737 | P218S (CCC→TCC) | ydcT | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (350/385); minor base A (0/2); total (350/387) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 743 total aligned reads displayed.
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tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:9805516/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:7262457/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGATCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCTTGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTCGCATTACGGTAAGCTTCTCCCTGCTAc < 2:8737492/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTCGAGTCCCCGCGCGATCTCTATCTGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 2:6312015/140‑1 (MQ=255) cAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGa > 1:7585038/1‑140 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTCTATGAGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACa > 2:5319465/1‑140 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCTCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCTAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGCCGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACa > 2:5540158/1‑140 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACa > 2:7759753/1‑140 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTGTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACCTCGAATGTTTGTGATGGACTGATGGCTGAGAAACGTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACAGGAACa > 2:10707571/1‑140 (MQ=255) tCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACat > 1:8572136/1‑140 (MQ=255) | AGATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATAT > NZ_CP025268/1518150‑1518423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |