Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,619,609 | T→C | intergenic (‑86/‑15) | sad ← / → yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,619,609 | 0 | T | C | 99.7% | 2529.8 / NA | 725 | intergenic (‑86/‑15) | sad/yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (446/276); minor base A (0/2); total (447/278) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 725 total aligned reads displayed.
CACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619472‑1619745 | cACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGa < 1:11345182/140‑1 (MQ=255) aCCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGaa > 1:10026579/1‑140 (MQ=255) gTGGCAGGTTTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGGATCTCGTTGAGGAGTGATGGTATGAAGAGACGCAGATTGACTCTTGCTGTGACATGAAGAATATTATGCCACTTATTGTCGAATCgg > 2:8159349/1‑139 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga > 2:654615/1‑140 (MQ=255) 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1:5176012/1‑140 (MQ=255) aGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGcc > 1:10267986/1‑140 (MQ=255) aCTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCATCTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCATCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCt < 2:6427414/140‑1 (MQ=255) aCTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCGGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCt < 2:1520901/140‑1 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 1:284285/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 1:1066191/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 2:6069864/1‑140 (MQ=255) ttCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGaaa < 1:6590685/140‑1 (MQ=255) | CACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619472‑1619745 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |