| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,669,938 | A→G | *205* (TAA→TAG) | dmsD → | Tat proofreading chaperone DmsD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,669,938 | 0 | A | G | 99.7% | 2153.9 / NA | 623 | *205* (TAA→TAG) | dmsD | Tat proofreading chaperone DmsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (337/284); minor base T (2/0); total (339/284) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 623 total aligned reads displayed.
ACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAAGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGT > NZ_CP025268/1669801‑1670074 | cacGTTTTCTTTATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGATCTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:8019161/140‑1 (MQ=255) cacGTTTTCTTGATGTTTTTCTCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:4426995/140‑1 (MQ=255) cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCTGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:8363968/140‑1 (MQ=255) cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:10209571/140‑1 (MQ=255) cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:8126490/140‑1 (MQ=255) cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 2:2293097/140‑1 (MQ=255) cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:1787459/140‑1 (MQ=255) gatttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc < 1:317788/138‑1 (MQ=255) ttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:1550591/1‑140 (MQ=255) tGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAata > 1:9124994/1‑140 (MQ=255) tGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAata < 1:4843985/140‑1 (MQ=255) tGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAata > 2:10171290/1‑140 (MQ=255) tGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAata < 1:3697683/140‑1 (MQ=255) tGTTTTTATAGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTACTATTg > 2:10210997/1‑140 (MQ=255) cGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt < 2:3069570/140‑1 (MQ=255) ccccccTTTCGACCGTGCACTCGGTGAACTGGCTCGCTTACCGCTGGCGCAATGGCAATCACACCTGTTAATTCCTCTCGCGGTTAAACCGCAGTGACGATCGCATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTAcgcg < 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cTACCGTGCACGGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGc < 2:9069848/140‑1 (MQ=255) aCCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaa < 1:1328412/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 1:11178908/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 1:5301231/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 2:3365086/140‑1 (MQ=255) cGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata < 1:6125219/140‑1 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gCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTCACGCTGGCGCAATGGCACTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGATAACCCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAAGAGTGCCGGATGGGGACGATTACGCGCACTCCGGCAataata < 2:4323274/140‑1 (MQ=255) tGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGtt < 2:3896657/140‑1 (MQ=255) gggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTa < 1:4494347/140‑1 (MQ=255) ggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCGTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCCATCCGGCAATAATAGGTTAc > 1:6894939/1‑140 (MQ=255) ggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTAcg < 1:9371438/116‑1 (MQ=255) ggTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTAc > 1:6743512/1‑140 (MQ=255) 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cTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGt > 2:2495445/1‑140 (MQ=255) cTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTGCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGTGCTATCCGGCAATAAGAGGTTACAGGGTCACGt > 2:8929240/1‑140 (MQ=255) cTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGGTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGt > 2:1364055/1‑140 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGttttttt < 1:10743502/140‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGGCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGttttttt < 2:566055/140‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTACTTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTAt < 2:8348344/140‑1 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1:8549197/1‑140 (MQ=255) tCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCtt > 2:6986244/1‑140 (MQ=255) tCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCtt > 1:89580/1‑140 (MQ=255) tCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGATTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCtt > 2:9864128/1‑140 (MQ=255) aaaCCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCa < 2:1816074/140‑1 (MQ=255) aaaCCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCa > 1:6486369/1‑140 (MQ=255) gCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATa > 2:868743/1‑140 (MQ=255) cTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAg > 1:10864787/1‑140 (MQ=255) tGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGt < 2:1460804/140‑1 (MQ=255) tGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGt > 1:2063003/1‑140 (MQ=255) gTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTGTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTc > 2:7746002/1‑140 (MQ=255) | ACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAAGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGT > NZ_CP025268/1669801‑1670074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |