| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 28,270 | T→C | intergenic (+62/‑105) | rihC → / → dapB | ribonucleoside hydrolase RihC/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 28,270 | 0 | T | C | 99.3% | 1969.1 / NA | 575 | intergenic (+62/‑105) | rihC/dapB | ribonucleoside hydrolase RihC/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (331/239); minor base A (2/2); total (334/241) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 590 total aligned reads displayed.
TGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATCGC > NZ_CP025268/28133‑28406 | gTGGCATTGGATCTGGATGAGAAAGGCTTCCAGCAGTGGCTGGCTCAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTAATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTAACTGATATCCCTCCCTGTTTAta > 2:9635673/1‑139 (MQ=255) ggCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAt > 1:129256/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGACAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGTGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTGATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 2:11387001/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:8701010/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:2622152/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:6894996/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:5084847/1‑140 (MQ=255) aTTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTaa > 1:11118646/1‑140 (MQ=255) aTTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTaa > 1:147718/1‑140 (MQ=255) aTTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTaa > 1:4333154/1‑140 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1:8516231/1‑140 (MQ=255) ggATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAAtt > 1:7565384/1‑140 (MQ=255) gATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGTCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTa > 2:1850864/1‑140 (MQ=255) tgAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAg > 1:11428523/1‑140 (MQ=255) tgAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAg < 1:3612260/140‑1 (MQ=255) gAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGc > 1:5553721/1‑140 (MQ=255) aaaGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCg > 1:478212/1‑140 (MQ=255) ccAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggc > 2:8503550/1‑140 (MQ=255) ccAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTGTtggc > 1:9434655/1‑140 (MQ=255) ccAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTATATTTATCTGCGTGTGtggc > 2:10916861/1‑140 (MQ=255) ccAGCAGCGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggc > 2:2799242/1‑140 (MQ=255) agcagTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggctg > 1:10371512/1‑140 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aGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATgc > 2:4308424/1‑140 (MQ=255) tGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCCTTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGt < 2:5223911/140‑1 (MQ=255) tGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGt < 1:7039594/140‑1 (MQ=255) ctGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTActc < 1:2872762/140‑1 (MQ=255) ggCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTg > 2:6701505/1‑140 (MQ=255) ggCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTGTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTg > 2:11169460/1‑140 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(MQ=255) attcatCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTa < 1:10965786/140‑1 (MQ=255) tcatCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATg < 2:2365034/140‑1 (MQ=255) atCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCa > 2:4509300/1‑140 (MQ=255) atCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCa < 2:3103903/140‑1 (MQ=255) tCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCa < 2:1359848/139‑1 (MQ=255) cGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatg < 1:10112497/140‑1 (MQ=255) cGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatg > 2:7715372/1‑140 (MQ=255) cGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatg < 1:4632898/140‑1 (MQ=255) aCTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatgat > 2:6984930/1‑140 (MQ=255) aCTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTAGGCTAATTAACAAAAGAGATGAGCTATGCatgag > 2:11507977/1‑139 (MQ=255) aCTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCACTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCatgat > 2:8983909/1‑140 (MQ=255) gCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGTTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAAc < 1:6332257/140‑1 (MQ=255) tttCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATc < 2:3294531/140‑1 (MQ=255) ttCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATcc > 1:3416977/1‑140 (MQ=255) tCACTGTTATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCTGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTTGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATcag > 2:2990568/1‑138 (MQ=255) tCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCcg > 1:5927690/1‑140 (MQ=255) cTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGt > 1:4398456/1‑140 (MQ=255) agATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGtt > 2:802788/2‑140 (MQ=255) atatCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTCTGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGAAAACATCCGCGTTGc > 2:3573563/1‑140 (MQ=255) atCCCTCCCTGTTTATCATTAATGTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCa < 2:289150/140‑1 (MQ=255) tccctcccTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCAGCGTTGCCAt > 2:6481040/1‑140 (MQ=255) ctccctGTTTATCATTAATTTCTATTTATCAGCGTTGTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCTAATTAACAAAAGAGAAGAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCCTcgc < 2:8848506/140‑1 (MQ=255) | TGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATCGC > NZ_CP025268/28133‑28406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |