| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,385,598 | C→T | intergenic (‑20/‑45) | elaA ← / → rbn | GNAT family N‑acetyltransferase/ribonuclease BN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,385,598 | 0 | C | T | 99.7% | 2528.6 / NA | 665 | intergenic (‑20/‑45) | elaA/rbn | GNAT family N‑acetyltransferase/ribonuclease BN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (419/243); minor base A (0/2); total (420/245) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 668 total aligned reads displayed.
ATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGCATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCA > NZ_CP025268/2385463‑2385734 | atatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGatgtatgc > 1:2110695/1‑140 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:6452127/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:8420345/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:11069983/140‑1 (MQ=255) tCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCACCGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCtt < 2:1820592/140‑1 (MQ=255) gATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAATGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATAc > 2:304666/1‑140 (MQ=255) aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATACAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt > 2:427177/1‑140 (MQ=255) aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt > 1:4773425/1‑140 (MQ=255) aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt > 1:6204484/1‑140 (MQ=255) aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt > 1:8217779/1‑140 (MQ=255) aGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGc > 2:3095024/1‑140 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGAAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGAAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCg > 2:3383173/1‑140 (MQ=255) ttCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGACACCGATAATTCAGAGAGATGCAGATCTTGCCAGTCAATCATAATGCTCTCCTTGTAGATGTATGCCTTATACTAGACGGaaga > 2:1726031/1‑138 (MQ=255) cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATAttttt > 2:10264444/1‑140 (MQ=255) caacaaACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGaaa > 2:6245549/1‑140 (MQ=255) aaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtg < 1:744824/140‑1 (MQ=255) aacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtga > 1:4399823/1‑140 (MQ=255) aacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCGTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtga > 1:6850883/1‑140 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAAc > 1:1242193/1‑140 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTAGCAATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGCATATTTTTTGAAACGTGATGAAc > 1:10111762/1‑140 (MQ=255) gcgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGa < 1:2603748/116‑1 (MQ=255) gcgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGACACGTGATGAACt > 2:6900983/1‑140 (MQ=255) cgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTc > 2:11111074/1‑140 (MQ=255) cGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGa > 2:10839061/1‑140 (MQ=255) aGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGAGGAACTCATGGaatt > 1:10934252/1‑140 (MQ=255) ttGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGTACTCATGGaattaa > 1:9109935/1‑140 (MQ=255) ttGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATGCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTGTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGaattaa < 2:1623175/140‑1 (MQ=255) taataaGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAAttt > 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ggCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAg < 1:2884898/140‑1 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAGTTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTTGATGGCTGCCTTAGAGTCGCCGGAATATTGTTTGGATCGGGATGTACTCAGGGTATTCCTTTGGTTAgg > 2:1222536/1‑140 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTCGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAgg > 2:1096203/1‑140 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtg < 2:7341371/112‑1 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGTACTCATGGAATTAATTGTTTTAgg > 1:5434449/1‑140 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGACTTAATTTTTTTAgg > 1:11206991/1‑140 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAgg > 2:3595013/1‑140 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAgg > 1:4291773/1‑140 (MQ=255) cATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGt < 1:1612886/140‑1 (MQ=255) cATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGt < 1:9405634/140‑1 (MQ=255) cATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGt < 1:8008048/140‑1 (MQ=255) aTAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTa > 1:5887643/1‑140 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ctctCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCa > 2:8012755/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGaattaatt > 1:3521950/1‑70 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAAc > 1:5282745/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAAc > 1:2270061/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAAc > 1:4217139/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCAGCAATATTGTTTGAAACGTGATGAACTCATGTAATTAATTTTTGTAGGGACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCTCGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAAc > 2:3835061/1‑140 (MQ=255) 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ATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGCATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCA > NZ_CP025268/2385463‑2385734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |