| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,785,155 | C→T | pseudogene (1594/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,785,155 | 0 | C | T | 99.7% | 2242.6 / NA | 589 | pseudogene (1594/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (282/305); minor base G (2/0); total (284/305) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 591 total aligned reads displayed.
CTACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGCCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGT > NZ_CP025268/2785018‑2785291 | cTACATTTTTAGCGTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGtcc < 1:10865616/140‑1 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa > 1:4501727/1‑140 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa > 1:2008768/1‑140 (MQ=255) cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGGAGACAGCATCACCCTACCTGTTGGTTCCTTCGAGAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCACCATGCTGAGCCTCACCACCGTCCTGa < 2:88300/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccaCATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTTACCCTCCTGCACGCCGCCATTCTTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGACTCCTTCTGGACAAACAGCTTACCGCCAGTATCACTGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGcc < 2:10241308/138‑1 (MQ=255) gCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAg > 1:4074544/1‑140 (MQ=255) accaccGTCCTTAACCTCCGGAACGACGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGACTCCTTCTTGACAATCAGCTTACCGCCATTATCAATTGTATTATTTTTCGCCGAGGTTTTATCCACTACAGTCAGTTAGc > 2:943651/1‑140 (MQ=255) accaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGc > 2:1248534/1‑140 (MQ=255) accaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGc < 2:2623227/140‑1 (MQ=255) accaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGc > 1:2892720/1‑140 (MQ=255) accaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGc > 1:54015/1‑140 (MQ=255) accaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGc > 1:8939041/1‑140 (MQ=255) accaccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGc > 2:475178/1‑140 (MQ=255) ccGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGt > 2:345179/1‑140 (MQ=255) | CTACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGCCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGT > NZ_CP025268/2785018‑2785291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |