| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 322,406 | T→C | S340P (TCA→CCA) | ykgF → | LutB/LldF family L‑lactate oxidation iron‑sulfur protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 322,406 | 0 | T | C | 99.9% | 2602.2 / NA | 750 | S340P (TCA→CCA) | ykgF | LutB/LldF family L‑lactate oxidation iron‑sulfur protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (380/369); minor base A (1/0); total (381/369) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 750 total aligned reads displayed.
TCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCA > NZ_CP025268/322269‑322542 | aTAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAAtt > 2:4201278/1‑140 (MQ=255) aTAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATAGTGGCGGTCATGGAGATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAAtg > 2:4868831/1‑139 (MQ=255) gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCgg > 2:5591379/1‑140 (MQ=255) gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCgg > 2:5775812/1‑140 (MQ=255) 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gcTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagat < 2:10017383/140‑1 (MQ=255) gcTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagat < 2:7131051/140‑1 (MQ=255) cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt < 1:3668483/140‑1 (MQ=255) cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt < 1:11330235/140‑1 (MQ=255) cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTAAGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt < 2:6462530/140‑1 (MQ=255) tGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTTTCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagattt > 1:10846455/1‑140 (MQ=255) tATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc > 1:3841665/1‑140 (MQ=255) tATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc > 2:2307261/1‑140 (MQ=255) ttCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATCTCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCGATAAAGATTTTCAAGATTTAccc > 2:511762/1‑140 (MQ=255) ttCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTaaac > 2:10161306/1‑137 (MQ=255) ttCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATGGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAccc < 2:11217923/140‑1 (MQ=255) gCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAc > 1:1996885/1‑140 (MQ=255) tGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTACAGATTTACCCTACGc > 2:7418516/1‑140 (MQ=255) cGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCt < 1:6504370/140‑1 (MQ=255) ggggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTg > 2:1147817/1‑140 (MQ=255) ggggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTg > 2:1916034/1‑140 (MQ=255) ggggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTg > 2:2668268/1‑140 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2:5342753/1‑140 (MQ=255) cGGTCATGGATCTGGCTCTCTTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGAGTTCTCCGCGACTCGGCGGCTATAAAGCTTATACAGAGGTACCCTCCGCCAGCACCTTATGCACAGCTAGTGACAACGTGTGTCCGGGGCGTa < 2:3451473/140‑1 (MQ=255) ggTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTAt > 1:253588/1‑140 (MQ=255) tCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTc > 2:4594649/1‑140 (MQ=255) aTGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCg > 2:2409132/1‑140 (MQ=255) ggCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCaaa > 1:6931391/1‑140 (MQ=255) ggCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCaaa > 1:9871406/1‑140 (MQ=255) ggCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCaaa > 1:5769780/1‑140 (MQ=255) ctctATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAAGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAAc > 2:10682620/1‑140 (MQ=255) tttATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGAtt > 1:3402865/1‑140 (MQ=255) aTCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCAGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTg > 2:8745979/1‑140 (MQ=255) tCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGca > 1:6604661/1‑86 (MQ=255) ccAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCg < 2:1349994/140‑1 (MQ=255) ccAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCg < 2:772715/140‑1 (MQ=255) caaGGGCCAATTGTTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTTTAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCTGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCg < 2:7909856/138‑1 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 1:6101239/1‑140 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 1:918807/1‑140 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 1:4610383/1‑140 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 2:8927810/1‑140 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa < 1:2206975/140‑1 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 1:10681903/1‑140 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGAACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTCTTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 2:10895133/1‑140 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTGTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCa > 1:7436266/1‑140 (MQ=255) | TCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCA > NZ_CP025268/322269‑322542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |