Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 4,139,151 | G→A | S143S (AGC→AGT) | yijF ← | DUF1287 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 4,139,151 | 0 | G | A | 98.9% | 2116.2 / NA | 566 | S143S (AGC→AGT) | yijF | DUF1287 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (350/209); minor base C (3/3); total (354/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 566 total aligned reads displayed.
TCTTCTTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCGCTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCG > NZ_CP025268/4139014‑4139287 | tcttctTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACt < 2:1472339/140‑1 (MQ=255) acttcttCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACt < 2:7825626/139‑1 (MQ=255) cttcttCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCACTATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTg < 2:2917125/140‑1 (MQ=255) tcttcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTggg < 1:1565281/140‑1 (MQ=255) cttcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTgggg < 1:3777789/140‑1 (MQ=255) ttcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGt < 1:4781579/140‑1 (MQ=255) tcCGGCGCGCCGGCGCCAAGGGGCGGGATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCCTCTGAAACCGCCCCACGATGTGCCAGCCCGTTAGCCAGGCGCCAGGAGACAATCTCGCCCGCGGGAGAGTCACTGGGGtg > 2:39448/1‑139 (MQ=255) tGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCtt > 1:2704830/1‑140 (MQ=255) tGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCtt > 2:5047934/1‑140 (MQ=255) gcgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTg > 1:111355/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 2:7006206/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:2472707/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:9597763/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:8596654/1‑140 (MQ=255) ccTGCGCCAATGTTATGTATCACTAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCtggt < 1:8849622/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGAGAAGCCATCTTAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATACAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCttgt < 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aaTGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCgtg < 2:9256079/140‑1 (MQ=255) aTGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGACAGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCgtgt > 2:8177617/1‑140 (MQ=255) aTGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTAt < 2:10034014/140‑1 (MQ=255) tGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATc > 2:2072/1‑140 (MQ=255) tGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATc > 1:5844149/1‑140 (MQ=255) tGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATc > 1:10994312/1‑140 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGCAACCACCCCCATATGTGCCAGCCCGATATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGCTAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTCTCATggc > 2:7345355/1‑140 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 1:448566/1‑140 (MQ=255) aCCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggcg < 1:1443478/140‑1 (MQ=255) ccAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggcgg > 2:2139016/1‑140 (MQ=255) gcggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTa > 2:4226947/1‑140 (MQ=255) gcggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCAACTGAAACCACACCAATCTGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGTGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTa < 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gCGAAGCCATCTGAAACCACCCCCCTCTGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAAGATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAACCCAGGGTTCCAGAtt < 2:7622083/140‑1 (MQ=255) cGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCGGGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGGGGGGGGTGGTTTCTCAGGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGagtc > 2:9721010/1‑137 (MQ=255) gAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAg < 1:5647616/140‑1 (MQ=255) aGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGc > 1:9404299/1‑140 (MQ=255) aGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGc > 1:4392747/1‑140 (MQ=255) ccATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCATGAGACATTATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGctc < 2:6001381/140‑3 (MQ=255) cATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCAcc < 2:5456112/140‑1 (MQ=255) cTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGa < 1:7535013/140‑1 (MQ=255) cTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGa < 1:1085901/140‑1 (MQ=255) cTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGAGTAGGCACCCGa > 1:5075221/1‑140 (MQ=255) tGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGGTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGAc < 2:1656483/140‑1 (MQ=255) gAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACg < 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ccccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCg > 1:4197276/1‑140 (MQ=255) ccccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCg > 1:10164966/1‑140 (MQ=255) ccccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCg > 1:7186222/1‑140 (MQ=255) ccccAATATGGGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATGAGGCACCCGACGGTGATCg > 2:8239714/1‑140 (MQ=255) cccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGa > 1:3341104/1‑140 (MQ=255) cccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGa < 2:4358747/140‑1 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cccGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGgc > 2:1352379/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTTTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt < 2:2353866/140‑1 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATg > 2:1248977/1‑77 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt > 1:6111624/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt > 2:11296305/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt > 1:6922405/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGTCGCAAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGAGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtg > 2:5613219/1‑139 (MQ=255) aGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACtt > 1:6564170/1‑140 (MQ=255) aGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACtt > 2:6595395/1‑140 (MQ=255) gTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTc > 2:8506789/1‑140 (MQ=255) tCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACg > 2:11555767/1‑105 (MQ=255) tCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGTTCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTGTAACTTcc > 2:7705027/1‑140 (MQ=255) 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1:10447727/1‑140 (MQ=255) cccGCTTGATAGTCACTGGGGGTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATGTTTGCGGGTACTCAGc > 2:5849323/1‑140 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 1:5952524/1‑140 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 2:4585819/1‑140 (MQ=255) ttGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCGTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCCAAAt > 2:3252017/1‑140 (MQ=255) | TCTTCTTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCGCTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCG > NZ_CP025268/4139014‑4139287 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |