Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,505,921 | A→G | intergenic (‑557/‑52) | insG ← / → nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,505,921 | 0 | A | G | 99.8% | 1419.1 / ‑5.1 | 408 | intergenic (‑557/‑52) | insG/nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (186/220); total (186/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
GGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCT > NZ_CP025268/4505784‑4506057 | ggTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCt < 2:6706270/140‑1 (MQ=255) gTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAATACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTc > 2:1134210/1‑140 (MQ=255) tATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc < 2:316164/140‑1 (MQ=255) tATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc > 1:9139786/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |