| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 4,614,205 | A→G | *54* (TAA→TAG) | ytjA → | DUF1328 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,614,205 | 0 | A | G | 98.8% | 1100.5 / NA | 319 | *54* (TAA→TAG) | ytjA | DUF1328 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (153/162); minor base T (2/2); total (155/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAAATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAT > NZ_CP025268/4614068‑4614340 | cTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGAt > 2:6226989/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:9030357/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 2:9105170/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:717196/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:1870511/1‑140 (MQ=255) tATCGCGTTAATCGCCGCCGCACGTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAg > 1:11555696/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 1:9396401/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 1:7659773/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTGGGTGGTCGGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa < 2:11063874/140‑1 (MQ=255) cgcgTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGTTCTGTCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTTTTCCTGGTGAGTTTTTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGAcc > 2:3842242/1‑140 (MQ=255) cgcgTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGAcc > 2:1826502/1‑140 (MQ=255) cgcgTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGAcc > 2:5697690/1‑140 (MQ=255) tAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTaa > 2:848283/1‑140 (MQ=255) tAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTaa > 2:2368936/1‑140 (MQ=255) tAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTaa > 1:391194/1‑140 (MQ=255) cgccgcACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAAtt < 2:6783076/140‑1 (MQ=255) cgccgcACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATACTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAAtt < 1:7774381/140‑1 (MQ=255) gcACTTGGGTTTGGTGGTCGGGCCGGTCCCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTTTTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCTTGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTAt < 1:6143653/140‑1 (MQ=255) cACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATAGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTATATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATc > 2:7850340/1‑140 (MQ=255) atttgggttgggGGGTCGGGCCGGAACCGCGGCCGGCGCCGAAAAATTTGTCTTTGTGTTGGGGATTTTTCTGGTCCTGGTGTGTTTGTTCAGGGGCCGAACACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 1:8055892/138‑1 (MQ=255) aCTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGTATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTTTACATGGGCCCAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 1:2592750/140‑1 (MQ=255) aCTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 2:6169855/140‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCaa < 2:9788319/140‑1 (MQ=255) gggTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAg < 1:7529694/140‑1 (MQ=255) ggTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAATTTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTGCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGc < 1:754545/140‑1 (MQ=255) ggTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTTTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTACATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGc < 2:4222565/140‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCTCAGCTAAATTTGTCTTGGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTACATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 2:2708892/140‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCCGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 1:6172439/140‑1 (MQ=255) ggtggtCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTc > 1:4667983/1‑140 (MQ=255) cTGGCCGTTACCGCTGCTGGCGCAGCTAAAATTGTATTTGTCGTCGGTATTATTCTGTGCCTGGTGATTTTGTTCTGGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCgg < 1:5274440/140‑1 (MQ=255) cTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCgg > 1:4607394/1‑140 (MQ=255) tGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTTTAGTTGTCTTTGTCGTCGGGATGTTTCTGTTCCTGGTGAGTTTGGTCCTGGGCCGAACACGACCCTAGATTTCAGACCAGTATGAATTTTTTATCCAAAGACAGTCCAGCGGa > 2:5065826/1‑140 (MQ=255) gggCCGGTCCCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGa < 1:850569/139‑1 (MQ=255) gCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACt > 2:5285840/1‑140 (MQ=255) gCCGGTACCGCTGCAGCCCCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGAAGATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACt < 2:10425969/140‑1 (MQ=255) cgttACCGCTGCAGGCGCAGCTAAACTTGTCTTTGTCGGCGGTATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTgg < 1:6514643/137‑1 (MQ=255) cgcgGCTGGCGCAGCTAAATTTGTCGTGGTCGTGGGGATTTTTCTGTTCGTGGTGTGTTGTGCCATGGGCCGAACACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTg < 1:680363/140‑1 (MQ=255) cGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTg > 1:3373695/1‑140 (MQ=255) cGCTGCAGGCGCAGCTAAAAGTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCCAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTg < 1:10630200/140‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTCAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCg > 2:4879335/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCCGCGGACTGGCTTTTGCg > 1:9242883/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATGACGAAAATGTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCg > 2:6534037/1‑140 (MQ=255) ggCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCGGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAACACGACCCTCGATTTCAGACCCTTAAGAACCGTTTATCCAATGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTGGCgggtgt > 1:5837614/1‑136 (MQ=255) gcAGCTAAATTTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCGTGGTGTGTTTGTTCTTGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGc < 1:86622/140‑1 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tGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGtt > 1:9670868/1‑140 (MQ=255) tGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACAATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGATTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGtt > 2:9420509/1‑140 (MQ=255) gtcgtgGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCATTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTa < 1:3558425/140‑1 (MQ=255) gggATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGt < 2:706780/140‑1 (MQ=255) attattCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCAt < 1:8738680/140‑1 (MQ=255) ttCTGTTCCTGGTGAGTTAGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCATTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTAGTCATTCtt > 2:2141184/1‑140 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(MQ=255) aCCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGa > 2:8034459/1‑140 (MQ=255) aCCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGa > 2:450325/1‑140 (MQ=255) aCCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCATTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGa < 1:6961211/140‑1 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 2:6949810/140‑1 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 1:2516579/140‑1 (MQ=255) | CTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAAATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAT > NZ_CP025268/4614068‑4614340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |