| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 449,814 | T→C | T283A (ACT→GCT) | cyoA ← | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 449,814 | 0 | T | C | 99.6% | 2766.0 / NA | 793 | T283A (ACT→GCT) | cyoA | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (528/262); minor base A (3/0); total (531/262) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 793 total aligned reads displayed.
TAATTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGTCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATATTCCACCTGGTTGTATTCGCTAGGCGCGGCCAGTTTTTCGAACGCAGCCATGTCAGACATGGTGTTCGGCGACTGCTTCGCT > NZ_CP025268/449677‑449950 | aTTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa < 2:6620020/140‑1 (MQ=255) aTTTTCCGAACATCTTTATTCGTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa < 1:665261/140‑1 (MQ=255) ttCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAAc < 1:10484355/140‑1 (MQ=255) gAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCACTAAACTTGt > 2:11508501/1‑140 (MQ=255) tatATTCTTCCTCAAACCCTTTAATGGTCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTACCATACCTTCTTGTGCGCTGTGATAACCTTCTGGCAGGTTCATTACCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTAAATTAc < 2:748061/138‑1 (MQ=255) ttcttcCTCCACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCg < 2:8378529/140‑1 (MQ=255) ttcCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCa > 1:3142601/1‑140 (MQ=255) ttcCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCAGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTTAGACATAAACTTGTTAATTACATCGGCa > 2:10203922/1‑140 (MQ=255) ccTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCaaa > 1:8316198/1‑140 (MQ=255) ccTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCAATAAACTTGTTAATTACATCGGCaaa > 1:6264770/1‑140 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cGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTg > 1:10758037/1‑140 (MQ=255) cGGATTCCGCGTGGCTCATGGCCATGCCATCCATCCCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCAGGTCCATGCTCGTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTg < 2:10515760/140‑1 (MQ=255) gcgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCAGGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAata < 2:2610201/140‑1 (MQ=255) cgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAatat > 1:5149956/1‑140 (MQ=255) gTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAATCTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATAtt < 2:7144295/140‑1 (MQ=255) gTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATAtt < 1:9698509/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |