Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,103,344 | (C)8→7 | pseudogene (585/721 nt) | yggN ← | DUF2884 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,103,337 | 0 | C | . | 98.7% | 2117.8 / 14.2 | 443 | pseudogene (592/721 nt) | yggN | DUF2884 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/5); new base . (168/269); total (169/274) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 505 total aligned reads displayed.
AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCG > NZ_CP025268/3103198‑3103472 | aTAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccc < 2:9556737/140‑1 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:10115642/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 2:2658810/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:4949938/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:1419093/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:1772643/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:3844949/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc > 2:7863454/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGGTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc > 1:9439229/1‑140 (MQ=255) ggATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccca < 1:5287535/140‑2 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 2:709230/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 2:6572596/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 2:4619387/140‑4 (MQ=255) attattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:7592402/140‑4 (MQ=255) attattTTAAAGTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccccagg < 1:8786052/140‑4 (MQ=255) tattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCt > 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tCCCGACCAGGGCATTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGcaca < 2:10604914/140‑1 (MQ=255) cccGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACCACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACAt < 1:4390639/140‑1 (MQ=255) cccGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACAt < 1:11231699/140‑1 (MQ=255) ccGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTGTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGcacagt > 1:10499165/1‑138 (MQ=255) ccGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTGTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACAtt > 2:614272/1‑140 (MQ=255) cGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTc < 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tGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATg < 1:2201840/140‑1 (MQ=255) cAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTg < 1:10031754/140‑1 (MQ=255) ctgGACATCTTTTTCCTGCTTTTTCAACTCGGGTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTa > 2:1258960/1‑140 (MQ=255) ctgGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTa < 1:11111443/140‑1 (MQ=255) ctgGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTa < 2:6865854/140‑1 (MQ=255) ggAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAAGGCTGTCCTGTaaa < 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aCTCTGATTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCACCCAGGCTTCCCAGCACATTATGTAATGGGTTACCGACGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTTTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACt < 2:5350515/140‑1 (MQ=255) aCTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCC‑GGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGNTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACt < 1:5980524/140‑1 (MQ=255) tGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCtt < 1:7404509/140‑1 (MQ=255) tGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCtt < 2:9326285/140‑1 (MQ=255) gAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTc > 1:7362934/1‑140 (MQ=255) aGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTCTTTGCTGGCCTTCg > 1:9125684/1‑140 (MQ=255) gATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgc < 1:4260003/140‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCCCCCCC‑GGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCAGGGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:1708128/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:2303143/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:10439393/140‑1 (MQ=255) tGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGcgcg > 1:9337911/1‑140 (MQ=255) | AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCG > NZ_CP025268/3103198‑3103472 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |