Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,728,808 | (C)10→8 | pseudogene (1254‑1255/1457 nt) | xylB ← | xylulokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,728,800 | 0 | C | . | 93.0% | 536.3 / 29.4 | 129 | pseudogene (1263/1457 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/0); new base . (59/61); total (68/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.25e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NZ_CP025268 | 3,728,801 | 0 | C | . | 91.7% | 443.8 / 53.4 | 129 | pseudogene (1262/1457 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); major base . (51/59); minor base G (8/2); total (68/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GGCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATCCCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCC > NZ_CP025268/3728661‑3728932 || ggCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCCCATc > 1:4427972/1‑140 (MQ=255) cTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc < 2:4249996/140‑1 (MQ=255) cTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCAAGTGCTGGCCCCACATccc < 1:2149473/140‑1 (MQ=255) aTAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATcccccc > 1:3317693/1‑140 (MQ=255) aGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccg < 1:5849591/140‑2 (MQ=255) gCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgg > 1:7112870/1‑138 (MQ=255) cGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgta < 1:9545046/140‑4 (MQ=255) cGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgta < 1:8104552/140‑4 (MQ=255) cGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgta < 1:7842281/140‑4 (MQ=255) cGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAAGTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgta < 2:4131588/140‑4 (MQ=255) cATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATcgccccccggacgg > 2:4579555/1‑134 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTACTCGAg < 1:10185863/140‑1 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAg < 2:8658763/140‑1 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAg < 1:10184153/140‑1 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAg < 1:1847715/140‑1 (MQ=255) cgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CGCCCCCCCCGTACGGTGATCGAggt > 1:8709289/1‑138 (MQ=255) gcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctg < 1:6451575/140‑1 (MQ=255) gcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTAAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTTCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctg < 2:6633953/140‑1 (MQ=255) cTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCCCAT‑‑CCCCCCCCGTACGGGACTCGAgctgcggg > 2:6797638/1‑137 (MQ=255) gTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CACCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCg > 2:8953683/1‑140 (MQ=255) tGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTGCGGGACTCGAGCTGCTGACCGcgggt > 2:7904141/1‑136 (MQ=255) tGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGat > 1:1026550/1‑140 (MQ=255) tGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CACCCACCGTACGGTAATCGAGCTGCTTACCgatgat > 2:921949/1‑140 (MQ=255) cGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTGCGGGAGGCGAGCTGCTGACCGCTGagat > 2:7225258/1‑140 (MQ=255) cGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAAGCGAGCTGCTGACCGCTGatat > 2:7224722/1‑140 (MQ=255) cTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑‑CCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGc < 1:190478/140‑1 (MQ=255) cTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACA‑‑GCCCCCCCCGTTCGGTGGTCGAGCTGCGGTCCGCTGATATCCg > 2:2072404/1‑140 (MQ=255) tGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGc < 1:8487955/140‑1 (MQ=255) tCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGGAATCGAGGTGCTGGCCGCTGTGAGCCGCCAg > 2:2596140/1‑140 (MQ=255) aCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CGCCCCCCGTACGGTAATCGCGCTGCGGACCGCTGGTATCCGCGAGCagc > 1:10526763/1‑138 (MQ=255) aCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATc > 2:3054585/1‑140 (MQ=255) aCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCAGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCagc > 2:8556716/1‑138 (MQ=255) aCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACA‑‑GGCCCCCCCGTTCGGGAATCGGGCTGCGGGCCGCTGATATCCGCCAGCagc > 2:2170177/1‑138 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:6078751/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:2687315/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:2808731/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 2:10909367/140‑1 (MQ=255) cGGTAGTAGCGGCAACAATTCAATGAGCGCTTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:11034813/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa < 1:4874191/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa < 1:650863/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa > 2:1957223/1‑138 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg < 2:5852633/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg < 2:9628170/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGGAAGCGTGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCCTCTGACg > 1:3568361/1‑140 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCACCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg > 1:9692107/1‑140 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCACCCCCGAACGGTACTCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCCGCATCGGACg > 2:8548759/1‑140 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGc < 2:3239222/140‑1 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGc < 1:11272764/140‑1 (MQ=255) ttGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGcc < 1:9234680/140‑1 (MQ=255) gCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAg < 2:4463525/140‑1 (MQ=255) gCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAg < 2:8814176/140‑1 (MQ=255) cGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACA‑‑GCCCCCCCCGGACGGTCATCGAGCGGCGGGCCGGGGGTTGCCGCCCGCCGCAGACGCCAgg > 1:11306810/1‑139 (MQ=255) cGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATACGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGTCGGCTGATATCCGCCCGCATCTGACGCCAgg > 2:9126091/1‑139 (MQ=255) ggCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTa < 1:1489510/140‑1 (MQ=255) caacaaTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACt < 2:3796985/140‑1 (MQ=255) aacaaTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTc < 2:3635800/140‑1 (MQ=255) aTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTa < 1:5269831/140‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTAc < 2:3357569/140‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCGGACCGCGGTTGTCGGCCAGCCTCTGACGCCCGGACTCGCTAc > 2:452424/1‑140 (MQ=255) gAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGGAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGcgccc < 2:1780853/140‑1 (MQ=255) gCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CGCCCCCCCCGTACGGGACTCGAGCTGCTGACCGCTGAGATCCGCCAGCAGCTGTCGCCCGTCCGCACTACGcgcgccg > 2:10960809/1‑140 (MQ=255) gATTTCTCTGGATTCGCCGCGTTCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCTGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGTTATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGcgccccgcc < 2:8567096/140‑1 (MQ=255) gATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGTAATCGAGCTGCGGCCCGCTGGTCTCCGCCCGCAGCTGGCGCCAGTCCTCACTACGcgccccgcc > 1:6237434/1‑140 (MQ=255) tctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAAt < 1:1579612/140‑1 (MQ=255) tctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAAt < 1:310891/140‑1 (MQ=255) tctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAAt < 1:8341064/140‑1 (MQ=255) tctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAAt < 1:737475/140‑1 (MQ=255) ctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTTATCGTGCTGCTGGCCGCTGATATCCGCCAGCAGCGGACGCCGGTTCTCACGACGCGCCCCGcccccgggg > 1:3282659/1‑136 (MQ=255) tGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCCC‑‑CTCCCCCCCCGGGCGGGAAGCGAGGTGCTGTCCGCGGATTTGCGCCAGCAGCTGTCGCCCGTACTCACGACGCGCCCCGcccccgttca > 2:2439558/1‑135 (MQ=255) ttCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTCCTCGAGGTGCTGACCGCTGATCTCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCTCTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGt > 2:8133653/1‑140 (MQ=255) gccgcGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCCCAT‑‑CCCCCCCCGTGCGGTGTTCGGGCTGGTGACCGGTGTGATCCGGCAGCTTCGGTCGCCAGGACGCGCTTCGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAac > 2:2902499/1‑140 (MQ=255) ccgcGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGTCCGCGGTTATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAGTCTACGTGaca > 1:4356914/1‑140 (MQ=255) ccgcGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGGAATCGAGCTGCGGGCCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCCGGACTCGCGACGCGCCCCGCGCCCACTCAACGGAaca > 1:6923542/1‑140 (MQ=255) cgATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACTCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACtt < 1:1535394/140‑1 (MQ=255) cgATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACtt < 1:6204475/140‑1 (MQ=255) acaggcgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTg < 1:5731413/136‑1 (MQ=255) tCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGGCCTCGAGCTGCTGACCGCGGCTGTCCGCCAGCCTCTGACGCCCGGACTCACTACGCGCCCCGCCCCCACGCAACGTCACACGTTGc > 1:8046080/1‑140 (MQ=255) cgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACGT‑‑CCCCCCCCGGGCGGTCCTCGGGCTGCTGGCCGCGGCTGTGCGGCAGCAGCTGTCGCGCGGAGTCAGTACGCGCCCGGCCCCCGAGCACCGGAACGCTGTGCGGtt > 2:5503445/1‑140 (MQ=255) cAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTCCGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCACTCAACGTAACACTTTGCGGTTTaa < 2:5509494/140‑1 (MQ=255) ctgcGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAg < 2:3013868/140‑1 (MQ=255) gcgcCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGc < 1:5856888/140‑1 (MQ=255) gcgcCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGc < 1:5788315/140‑1 (MQ=255) gcCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑GCCCCCCCGGACGGTAATCGGGCTGCTGACCGCTGAGATCCGCCAGCCTCTGACGCCAGGCCGCACTACGCGCCCCGCCCCGCATCCACGGAAGACTGTGCGGGTTTATAGCGCAGGCAt > 1:3035937/1‑140 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACTT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCGGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCCGGACTCACTTCGCGCCCCGCCCCCGATCAACGTAACACTTTGCGGGGTAATCCCGCAGGCATg > 2:863235/1‑140 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑CCCCCCCCCGTGCGGTCATCGGGCTGCTGACCGCGGCGAGCCGCCCGCATCTGACGCCAGTGGTCACTACGCGCCCCGCCCCCAGTCTACGTCACACTTTGCGGGTGAATAACGCAGGcgt > 2:10334011/1‑138 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGAGCGCTGATATACGCCAGCATCTGACGCAAGTAATCACTAAGCGCCCCGCCCCCAATCCAAGTAAAACTTTGCGGGTTAATACcgcacgcaag > 2:3715527/1‑138 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTCCTCACTTCGCGCCCCGCCCCCAATCAACGAAACACTTTGCGGTTTAAGACCGCGGGCATg > 2:7691776/1‑140 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCCATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATg > 2:10243839/1‑140 (MQ=255) cccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCGGCTGACCGCTGTTATCCGCCAGCATCTGGCGGCGGGTCTCGCTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGGATCCCTTTGCGGGGTAATTCCGCAGGCATg > 2:1373614/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTCATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCAGCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAAGCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGc > 1:9034524/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCAGCTGACGCCCGGACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTCACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGcgggc > 1:9034535/1‑136 (MQ=255) aGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTTATCGAGCTGCTGACCGCTGTTATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCGCCAAGCAACGGAACACTTTGCGGTTTAATTCCGCAGGCCTGcgc > 1:2054884/1‑138 (MQ=255) aGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGGAATGGTGCTGCTGTCCGCTGATCTCCGCCAGCGTCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACCCGTTGCGGGTTAATACCGCCGGCATGCAc > 1:1072570/1‑140 (MQ=255) gTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACg < 1:1674635/140‑1 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGTCCGCGGATATCCGCCCGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACGTTGCGGTTTTAGACCGCGGGCGTGCACGa > 2:9719143/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCG‑CCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGAc > 2:7592667/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCG‑CCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGAc > 2:3855477/1‑140 (MQ=255) cTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGATGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCTCCCCCAATCAACGTAACACTTTTCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACa < 2:2826156/140‑1 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGCCCGCGGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTCCGCGCCCCGCCCCCAAGCAACGTAACACTTTGCGGTTTAAGACCGCAGGCCTGCACGACCTcc > 1:1561712/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGGGTAATACCGCAGGCATGCACGACATcc > 1:11101655/1‑140 (MQ=255) || GGCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATCCCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCC > NZ_CP025268/3728661‑3728932 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |