Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 581,197 | +G | intergenic (+50/+4) | CXP41_RS24355 → / ← CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 581,196 | 1 | . | G | 98.0% | 2159.4 / 30.8 | 634 | intergenic (+49/+5) | CXP41_RS24355/CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/10); new base G (356/264); total (360/274) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 655 total aligned reads displayed.
AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTC > NZ_CP025268/581057‑581330 | ccTGGAAAAAATATCGGGTGTGGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTT‑gg < 1:7845040/140‑2 (MQ=255) atatCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTAtttt > 1:6472569/1‑140 (MQ=255) tgtTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGa > 1:6046914/1‑140 (MQ=255) tGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGc > 1:8437446/1‑140 (MQ=255) aCCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaaaa < 2:6913263/140‑1 (MQ=255) ccGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAAc < 1:9871036/140‑1 (MQ=255) gtgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAt < 2:9487951/140‑1 (MQ=255) gtgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAt < 2:4441309/140‑1 (MQ=255) gtggtgATACATCAAATGCACCTGATATTGTGTGGCGTTAGATACCTGTCAGTGAGTAATCGATGGGATTTTGCCGCTGCACGGCTTCAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTGCTGCTGATGCGGAAAACAt < 2:5353244/140‑1 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTGTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAATCAtt > 2:10694773/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGATGCGGAAATCAtt > 1:9671395/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:2880059/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:5029797/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:747760/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:3508647/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 1:908545/1‑140 (MQ=255) tgtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACAtt > 2:2103640/1‑140 (MQ=255) gtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta < 2:6368163/140‑1 (MQ=255) gtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta < 1:3709059/140‑1 (MQ=255) gtTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta < 1:10586499/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 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> 1:3952934/1‑140 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAc > 2:3083031/1‑140 (MQ=255) cAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAcc > 2:7774786/1‑140 (MQ=255) cTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTg > 1:4133517/1‑140 (MQ=255) cACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAAc > 1:10289382/1‑140 (MQ=255) cACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAAc > 1:254441/1‑140 (MQ=255) 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NZ_CP025268/581057‑581330 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |