| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 939,446 | (A)7→8 | intergenic (‑289/‑255) | trxB ← / → lrp | thioredoxin‑disulfide reductase/leucine‑responsive transcriptional regulator Lrp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 939,439 | 1 | . | A | 94.9% | 2315.9 / 95.9 | 635 | intergenic (‑282/‑262) | trxB/lrp | thioredoxin‑disulfide reductase/leucine‑responsive transcriptional regulator Lrp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/21); new base A (196/403); total (208/427) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 778 total aligned reads displayed.
CTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑A‑AAAAAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTC > NZ_CP025268/939300‑939572 | ctGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag > 2:874501/1‑140 (MQ=255)ctGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag > 1:9234020/1‑140 (MQ=255) tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑a > 1:4890892/1‑140 (MQ=255) tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑a > 2:11138197/1‑140 (MQ=255) cTACTTAAATTTCCCGCTTTTTACGCGGATTATATGATGAATAAACGCCCCTGTTTATGAATTTCTGGCATGTTGTAATATAAATAGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGAGTTTTGGGTAAACATTGGTGgaag‑aga > 2:6263509/1‑138 (MQ=255) cTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aa > 1:10217094/1‑140 (MQ=255) aCTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaa < 2:4718488/140‑1 (MQ=255) aCTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaa < 1:7873605/140‑1 (MQ=255) attAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaa < 2:6122384/139‑1 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTTTATAATCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGTCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTATGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaa > 1:7653421/1‑139 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaa > 2:10971290/1‑139 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaa < 1:5425353/140‑2 (MQ=255) tAAATTTCCCGCTNTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTNCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaa > 1:5931466/1‑139 (MQ=255) aagttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaaca < 1:8871805/137‑4 (MQ=255) aaTTTCCCGCTTTATCAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATAGCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGCTGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaaca < 2:8930241/140‑4 (MQ=255) aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaaca < 1:7433523/140‑4 (MQ=255) aTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaacag > 2:3414712/1‑136 (MQ=255) tttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaacagt < 2:6708288/140‑6 (MQ=255) tgtCCCGCTTTATACGCCGATTAAAGGAAGAAAAAACGCCCCTGTTAAAGAATATCGGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaacagt < 1:9783144/138‑6 (MQ=255) tgtCCCGCTTTATAAGACGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGATAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTATTGCTTTGACAATCCCCTGGAGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑a‑aaaaaaacagt < 2:4427621/138‑6 (MQ=255) cccGCTTTATAAGCCGATTAAATGATTAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTAtt < 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tataAGCCGATTAAATGATGAATAAAAGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTATTCTTatat < 2:10765678/140‑1 (MQ=255) aaGCCGATTAAATGATGAATAAACGACCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTATTCTTATATgcg < 2:9015990/140‑1 (MQ=255) gCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTATTCTTATATGCGCa < 1:6812924/140‑1 (MQ=255) ccGATTAAATGATGTATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATACCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTATTCTTATATGCGCag < 2:5739623/140‑2 (MQ=255) ccGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTATTCTTATATGCGCAt < 2:5285557/140‑1 (MQ=255) gATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAA‑AAAAAACAGTATTCTTATATGCGCATaa > 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2:8368545/140‑1 (MQ=255) | CTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑A‑AAAAAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTC > NZ_CP025268/939300‑939572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |