Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,768,801 | +G | pseudogene (23/1487 nt) | sufB ← | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,768,801 | 1 | . | G | 99.8% | 1971.3 / ‑4.1 | 568 | pseudogene (23/1487 nt) | sufB | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (251/316); total (251/317) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 616 total aligned reads displayed.
ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCA‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCC > NZ_CP025268/1768662‑1768931 | aCTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCa > 1:5468878/1‑140 (MQ=255) cTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCag < 2:10938586/140‑2 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagt < 1:384561/140‑3 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagt > 1:11126502/1‑138 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagt < 1:1332377/140‑3 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTGCGCCGAACTGGCGCGCACCCCCACTTCGTTTATCCCCTTTGCCCGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATCAGTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagt < 2:6162572/140‑3 (MQ=255) cGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTCACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagttg > 1:1584478/1‑136 (MQ=255) ggCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagttgc < 1:7285703/140‑6 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAAGTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCtt < 2:5701364/140‑1 (MQ=255) cATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCa < 1:3570937/140‑1 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ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACg < 1:4430516/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACg < 1:9074083/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACg < 2:10099255/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACg < 2:3101915/140‑1 (MQ=255) tgcGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGATTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTACTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACg < 2:10851410/138‑1 (MQ=255) gCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAGCTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACgaga > 1:6856714/1‑140 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2:4369494/140‑1 (MQ=255) taATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGa > 1:2371950/1‑140 (MQ=255) aTTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGAtt < 2:7896153/140‑1 (MQ=255) ttCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTa > 1:483976/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 1:1955824/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 2:1116303/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACtt > 1:1793564/1‑140 (MQ=255) gACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGa > 2:7164725/1‑136 (MQ=255) gACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTc > 2:2906839/1‑140 (MQ=255) aCATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTcc < 1:8603862/140‑1 (MQ=255) | ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCA‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCC > NZ_CP025268/1768662‑1768931 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |