| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 183,437 | +A | coding (1144/1212 nt) | cdaR → | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 183,437 | 1 | . | A | 99.3% | 2323.5 / 3.5 | 608 | coding (1144/1212 nt) | cdaR | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base A (290/311); total (295/313) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 661 total aligned reads displayed.
GCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑G‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183298‑183570 | ccGCTGGCAACGTCATAGGAGTTGTTTATTCATAGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTTTGTGGCG‑TTACTACTg‑gatga < 2:7677846/140‑5 (MQ=255) ccGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTg‑gatga < 1:10260271/140‑5 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCACAGGCGTTGTTTATTCAGCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTg‑gatgaa < 1:8135160/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAACGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTg‑gatgaa < 1:8872237/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTg‑gatgaa < 1:715841/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTg‑gatgaa < 2:2275415/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTg‑gatgaa < 1:5321005/140‑6 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACTACTG‑GTTGAAGAGc > 2:7570166/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGc > 2:3558843/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGc > 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aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 2:543090/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 1:3396476/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 1:6820276/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 1:665377/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTTGATTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTAt < 2:7006273/140‑1 (MQ=255) gtgtgttATTCATCGTAAGACACTGGCGTATCGGCAGAATCGTCTATCGGAACTGACCGGGCTTCATTTGGGCAATATTGATGACAGGGTGCTGCTGTATGGGGCG‑TGACAACTG‑GATGAAGAGCGGTCCGTGATGCGtt < 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1:3689399/140‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:2842750/140‑1 (MQ=255) gaagaCCCTGGAGGATCGGCGTACTCGTATATCGTAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAAATTTGATGACAGGGTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GCTGACGAGCGGTAGGTTATGCGTTCAGGTTGAGgcggcg < 2:6162625/136‑1 (MQ=255) cccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 1:2485057/140‑1 (MQ=255) ccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCt > 1:8992921/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 1:4576462/1‑140 (MQ=255) 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gTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGGTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTAcg > 2:1580771/1‑140 (MQ=255) tgTATGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGtt > 1:4754858/1‑140 (MQ=255) tctgtgGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGtttt > 1:3983333/3‑140 (MQ=255) aTGTGGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGttttt < 1:1101648/140‑1 (MQ=255) gtgGCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTcc < 1:7640261/140‑1 (MQ=255) ggCG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAg > 1:4328263/1‑140 (MQ=255) cG‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 2:4359898/1‑140 (MQ=255) g‑TTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATc < 2:6732892/140‑1 (MQ=255) cggtACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTGCGGGATTAGTGACGCGTTAGTTTGTCCAGAt > 2:8336854/4‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:1809392/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:2664276/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:6207611/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 2:2502013/1‑140 (MQ=255) | GCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCG‑TTACAACTG‑G‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183298‑183570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |