| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,033,768 | (C)5→6 | pseudogene (190/920 nt) | yedA → | drug/metabolite exporter YedA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 96.0% | 1934.1 / 65.9 | 577 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/4); new base C (229/324); total (249/328) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 636 total aligned reads displayed.
TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033624‑2033897 | gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:5141270/1‑140 (MQ=255) gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cc > 2:1324546/1‑140 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc > 2:9821444/1‑140 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc > 2:11195236/1‑140 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc > 2:6050102/1‑140 (MQ=255) tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc‑ccgcta > 1:8558400/1‑135 (MQ=255) tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc‑ccgcta > 1:3225404/1‑135 (MQ=255) tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑cccc‑ccgcta > 2:252992/1‑135 (MQ=255) ggtgCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCTTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTAGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGAGCGGACACAAAC‑T‑CCCCACGCTACGt > 2:2400092/4‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTCTGTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 2:2677918/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 2:3323641/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 1:4607677/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 2:5595832/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 1:6853214/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 2:2271420/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCATTGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGt > 2:1878914/1‑140 (MQ=255) gggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTc < 1:9591031/140‑1 (MQ=255) ggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTcc > 1:8835528/1‑140 (MQ=255) gcacAACCTATTATGACATGCTGATTGTCGTGGAAAGCTGGCCGCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTCTCAGCCGCTATTATATTGATGGCAGTTTAGCTACTGAGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCAACGTCCg > 2:2720490/4‑140 (MQ=255) gCTCATCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCg < 2:7674721/140‑1 (MQ=255) gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCg < 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aaCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTGATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATATTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCgctgc > 2:3577890/1‑140 (MQ=255) aaCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCgctgc > 1:2965643/1‑140 (MQ=255) ttGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGcc < 2:8381111/140‑1 (MQ=255) tCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGa < 2:4645918/140‑1 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 1:6169729/1‑140 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 1:10041591/140‑1 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 1:3755354/1‑140 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 2:866888/140‑1 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 1:2452552/1‑140 (MQ=255) cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 1:1318817/140‑1 (MQ=255) aTTGGCGTGGAATGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTCGTGTATTGCTGGCCTTTTTGCTACTGCGCGGACCCAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCGGATTgg > 2:9403723/1‑140 (MQ=255) 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ttAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa > 1:9012853/1‑140 (MQ=255) atgatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATgg < 2:10830230/140‑1 (MQ=255) tgatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGc < 1:2809354/140‑1 (MQ=255) tgatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGc < 1:9101150/140‑1 (MQ=255) tgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATg < 1:10184974/140‑1 (MQ=255) ggcgggcgTTCGATTCCTGGCCGCCGGTTTGTTAGTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACTCAAAC‑T‑CCCCGCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGGGCTGATTGGGCGGTTATTGCTGGCTGACGGTAATGGCATgg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |