Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,743,290 | +C | intergenic (‑66/‑116) | yiaJ ← / → galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,743,289 | 1 | . | C | 97.9% | 965.7 / 11.5 | 284 | intergenic (‑65/‑117) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base C (164/114); total (169/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
ACTCTGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAA > NZ_CP025268/3743150‑3743423 | ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat < 1:8921641/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat < 2:4218830/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat < 1:346869/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat < 2:3412943/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat > 1:1667918/1‑136 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat < 1:7535587/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑ccaat < 1:8597386/140‑5 (MQ=255) ccGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGAtt > 2:9194366/1‑140 (MQ=255) ggACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCTAAGTGTGCCGTAGTTCACGTTCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATg > 1:3622530/1‑140 (MQ=255) ctctTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATGACTGCTTTCCCCCTTTTGTCGCGTCCGGTTGGTAGCGCAAAGTGTGCCGAAGTTCACGAGCTGGACAGATAATTGAT‑AACCAATTGAGTTTTATGTCgtt > 2:4929184/1‑140 (MQ=255) ctctTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAAGTTAT‑AACCAATTGAGTTTTATGTcgtg > 2:4279447/1‑137 (MQ=255) ctctTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCATCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCttt < 1:1898770/140‑1 (MQ=255) ttttCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGaa < 1:2293953/140‑1 (MQ=255) ttttCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGaa < 2:6011449/140‑1 (MQ=255) ttttCCAGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCGGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGaa > 1:7827675/1‑140 (MQ=255) 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tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:7397677‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:10103273‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4010238‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:6716402‑M1/140‑9 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:159693‑M1/140‑24 (MQ=255) 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ttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgat < 1:5750805‑M1/140‑28 (MQ=255) tttCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgagcgatata > 2:7204365‑M1/1‑110 (MQ=255) ttCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTCTGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatat > 1:8493309‑M1/1‑109 (MQ=255) ccATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttga > 2:4857400‑M1/1‑105 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGTCAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTGTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaa > 1:9480938‑M1/1‑103 (MQ=255) 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ACTCTGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAA > NZ_CP025268/3743150‑3743423 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |