| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,851,714 | +C | pseudogene (345/1502 nt) | uhpB ← | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 98.6% | 1947.6 / 16.1 | 565 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base C (288/269); total (292/273) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 680 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 | ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:3807440/140‑1 (MQ=255) cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTATAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 2:7258324/140‑1 (MQ=255) cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 1:7987449/140‑1 (MQ=255) cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc > 1:5333172/1‑140 (MQ=255) 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1:8859219/140‑1 (MQ=255) cTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCTATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCTGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTa < 1:4027406/140‑1 (MQ=255) cTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATCGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTa < 1:7419458/140‑1 (MQ=255) caacaaCGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAac > 2:10241179/1‑140 (MQ=255) caacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccga > 1:4506879/1‑140 (MQ=255) caacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccga < 2:2933952/140‑1 (MQ=255) cgccgccgcCGTTAACGCCGCCC‑C‑CGGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCCGTACCGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGGTATaccgaccg > 2:8039847/1‑140 (MQ=255) gccgccgTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTCAACTACCGATCATCAATAACGGAAATTGGGTTAAACCGACCGCCTg > 2:7475691/1‑140 (MQ=255) ccgccgTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGTAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGc > 1:5739922/1‑140 (MQ=255) ccgccgTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGc > 1:996342/1‑140 (MQ=255) cgTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTa < 1:341161/140‑1 (MQ=255) cgTTAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGCCACGCAGCTGGCGAGAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCCGTAACGTCAGGAAACTACCGAACCTCAATAACGGAACATGGGTTAAACCGCCCGCCTGCGTTa < 2:4608378/140‑1 (MQ=255) ttAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGc < 2:6532388/140‑1 (MQ=255) ttAACGCCGCCC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGc < 1:780931/140‑1 (MQ=255) | GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CC‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |