Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,293,178 | 0 | A | G | 26.1% | 313.1 / 92.9 | 203 | noncoding (37/132 nt) | CXP41_RS06840 | RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/102); new base G (23/23); total (59/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.38e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
AAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTA > NZ_CP025268/1293059‑1293310 | gaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACCCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACCGTGGTGGAAGCTTCTcatccatc > 1:1385444/2‑140 (MQ=14) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:1771578/140‑1 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:4414222/140‑1 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGGCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc > 1:9012066/1‑140 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCCCATCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAAACAACTCTCACAGGCCCACCAGACGAACCTTTGTAGAACATTCAAATCCTTcccccc > 1:2678737/1‑138 (MQ=2) cAGGGACTTGTGAATCTGATCCTGGTGGGGGACGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCGTCGGGGCGTTGCCGGCGGCAACGCGCGCGCGCTGGCCCTCGAGTCGAACCTTAGTCCAAGGTTCTCACCCTGCCCCgg > 2:9048129/1‑139 (MQ=2) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGCACTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCATGGTAGAATCATATCAACCATCCCCGCa > 1:1872954/1‑140 (MQ=11) ggACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATg > 2:2588317/1‑140 (MQ=255) ttttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:1432221/140‑1 (MQ=12) tttGAAAGTGATGGTGGTGGTGGACGGATTACTCAGCGCTGAGGGCTTCGCCGTTCGGGTCGTTGCCTGCGGAAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACATTGGTCGAAGCTTCTCATCCTACCCCGCATGGGCAg > 2:10363489/1‑140 (MQ=11) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAg > 2:10676905/1‑140 (MQ=12) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCACGCATGGGCAg > 2:9324475/1‑140 (MQ=255) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAACTTTGTCGAATCTTCTCATCCATCCCCGCATGGGccg > 1:2365558/1‑138 (MQ=11) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGACTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCATCCCCGCATggggcg > 1:3793900/1‑137 (MQ=11) aaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTTAGAGCTTCTCCGAACGTGTCGTTGCCTGCCGCAAAGCACTCTCGGTTGCCCAAGAGTCGAACCTTGCTAGTATCTTCTCATCCTTCCCAGACTGGGCAgcaaat > 2:4463535/1‑135 (MQ=2) tACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGt < 2:8639090/140‑1 (MQ=14) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCTAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCa < 2:166353/140‑1 (MQ=255) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAg < 2:5882022/140‑1 (MQ=18) aGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAgg < 2:6185066/140‑1 (MQ=21) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAggg < 1:8129044/140‑1 (MQ=21) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAggg < 1:10335648/140‑1 (MQ=21) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAggg < 1:7471368/140‑1 (MQ=21) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAggg < 1:6808051/140‑1 (MQ=21) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGGCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGCACCTTGGTCGGAGCTTGTCATCCTTCCCCGCGTGGGGAGAATCATTTG‑TTGCGGCGTGGGTTGAGAGttacgggg > 1:8802813/1‑134 (MQ=0) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAATTCGAACCGGTGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGTAT‑ATTTGATTGCGGATGGGTTTGTGAGttacgggg > 2:10496744/1‑134 (MQ=1) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGa > 2:8290223/1‑140 (MQ=25) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGAGTGGGAGTTCAGGGa > 2:1534589/1‑140 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGAAGCTTCTCAACCGTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTTCGGATTCGCTTGTGAGTTGAgggg > 1:8920426/1‑139 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCGCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCCGAAT‑ATTTGATTGCGGTTTCGCTTGAGAGTTCAGGGa > 1:10805797/1‑140 (MQ=11) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGAc < 1:5073867/140‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGACCCTTAGGCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCATGGGCCGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCGTGGGGGTTCAGGGGCtttg > 1:9525346/1‑139 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACcttt < 2:9495399/140‑1 (MQ=255) gcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCCTGGGCCGTAT‑ATTTGTTTGCGGAGTCGGTTGAGAGTTCAGGGGCTtgtg > 1:11293163/1‑140 (MQ=11) cgcgTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGa < 1:6745595/140‑1 (MQ=255) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGaa < 1:913764/140‑1 (MQ=255) cTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCTCTGACGCTCTAGCCGAACCTTAGTCGAAGATTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGaaa < 2:11038405/140‑1 (MQ=11) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCATCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAg < 1:3116109/140‑1 (MQ=255) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTTCGGATTCGCTTGAGAGTTCATGGACTTTTGAAAg > 2:10169867/1‑140 (MQ=255) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGGTTGTGAGTTCAGGGACTTTTGAAAg > 2:10783114/1‑140 (MQ=255) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTACCCGCAGGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCGTGGGAGTTCAGGGACTTTTGAAAg > 1:11218286/1‑140 (MQ=11) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAACTTAGTAGAAGCTTATCATACTTGCCCGCATGGGGCGAAT‑ATTTTATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGTGACTTTTGTAAg > 1:9299581/1‑140 (MQ=11) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg < 1:4343417/140‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTACCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg > 2:3339931/1‑140 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCTAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGa < 1:10165999/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGa < 2:2970632/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGa < 1:1712903/140‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtg < 1:8840187/140‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtg > 2:7560571/1‑140 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtg < 1:6247039/140‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtg < 1:10528120/140‑1 (MQ=255) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggt < 1:11183742/140‑1 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtg < 2:1208852/140‑1 (MQ=255) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtgg < 1:7482837/140‑1 (MQ=255) cGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAGCCTTCCCCGCATGGGCAGTAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGCCGTTTGAAAGTGAtggtgg < 2:1912965/140‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:4118835/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGACTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 2:8091526/140‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:5727979/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:346771/140‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCTAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:9731419/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 2:3707688/140‑1 (MQ=12) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 2:7017623/140‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGCGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:8448261/140‑1 (MQ=255) ggtGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTATTTCGAAGCTTCTCAACCTTCACCGCCTGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTAGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:6518462/138‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:4933316/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGCGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:9450727/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTTGTCTAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:720141/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:11029700/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:6270428/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:672257/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:7945008/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:907164/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:10444980/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:9874706/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:3986440/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:9005208/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:2203131/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:10760293/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:2742514/140‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGAAGGTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCATGGGCATACT‑ATTTGATTGCGGATGCGCGTGAGCGTTCAGGGACTGTTGTTTGTGTTGGTGGTggggg > 2:8740476/1‑140 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCAGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGACT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:642603/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGGAGTCT‑ATTTGTTTGCGGATTCGGTGGAGAGTTCGGGGACGTGTGAAAGTGAGGGTggggggggga > 2:10318604/1‑138 (MQ=11) gCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 1:1198983/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCACCGCTCTCTCGCTGACGCTCCAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCACATCCTTCCCCGCAGGGGCAGATT‑ATTTGATTCCGGATGCGTTAGAGCGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:6344872/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCTAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:10595092/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCTAGCCGAACCTGTGTCGAAGCTTCTCATCCTTACCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGATTGAGAGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:2640589/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:3912496/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCATAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:1130205/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:5062713/140‑1 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttact < 2:6018345/140‑4 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttact < 1:11115502/140‑4 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttact < 1:6046619/140‑4 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttact < 1:7559721/140‑4 (MQ=255) aCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttactcag < 1:301656/140‑7 (MQ=255) aCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttactcag < 1:1104893/140‑7 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:5061637/126‑1 (MQ=255) ggCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGGTGGGAAGTTCAGGGACTGTTGATAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCGTCGAAGTCGATg > 2:2394951/1‑140 (MQ=11) cTCCAGTCGACCCTTGGTCGTAGCGTCTCAACCGTCCCCGCCTGGGCATACT‑ACTTAATTTGGGATTCGTTGGCACGTTCCGGGACTTTAGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACgg < 1:335082/140‑1 (MQ=9) cctgtcGAACCTTGTTCTAAGCTTCTCAACCTTACACGCTTGGGCAGAAT‑TTTTAATTGCGGAGTCGTTACGCAGTTCACGGAAATTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa < 1:940614/135‑1 (MQ=9) ccagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCACATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAAT‑ATTTCATTGCGGATTCGTTTGCGACTTCAGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAACGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa < 1:9829904/135‑1 (MQ=17) cGAGGCGAACATCAGTCGAAGATGCTGATCCTTCCCCGCATGGGCTGTAT‑ATTTGATTGCGTATTCGCTTGGGAGTTCAGGGACTGTTGATAGTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa < 2:1326599/140‑1 (MQ=18) | AAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTA > NZ_CP025268/1293059‑1293310 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |