| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 1,292,848 | 0 | A | T | 74.2% | 392.6 / 253.0 | 436 | noncoding (11/132 nt) | CXP41_RS06830 | RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/34); new base T (59/257); total (143/293) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
GATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTC > NZ_CP025268/1292709‑1292987 | gATTATTTTAGTAAGCGATGGTGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:369377/140‑1 (MQ=11) attTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5120672/140‑1 (MQ=255) attTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTggg < 1:11052158/140‑1 (MQ=14) attTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTggg < 2:4623502/140‑1 (MQ=14) acttctggAAGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCGTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGCGTCGACCCTAGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:7453268/134‑1 (MQ=1) tttAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGc > 1:9382291/1‑140 (MQ=255) ttAAGGACGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCa < 2:6061771/140‑1 (MQ=11) ttAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:10649787/140‑1 (MQ=255) ttAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCa < 2:3043016/140‑1 (MQ=11) aaGGCAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGa < 1:4091617/140‑1 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< 1:4455216/140‑1 (MQ=11) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGAATATTTGATGGCGGAGTCGTTGGTGAGTTCCGGGGCTGGTGACAGTg > 2:6208507/1‑140 (MQ=11) gCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGAGTGCGGATTCGTTGGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGa < 2:2796843/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 1:8988973/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 1:8947513/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:10592885/140‑1 (MQ=11) ggtGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:1706740/138‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGTCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:6549862/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTTAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:9641640/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:4060683/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:7710203/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:3130787/140‑1 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(MQ=255) tCCCCGCTTGGGCAGATTATTTGATTGCGGATTAGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt < 1:10442269/140‑1 (MQ=14) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt < 2:5418227/140‑1 (MQ=255) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt > 1:8026374/1‑140 (MQ=255) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAAATCGGGGGATTTAGAATGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGATGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt > 2:212242/1‑140 (MQ=14) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt > 2:9644808/1‑140 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAAGCTCACTCGCt > 1:1384643/1‑140 (MQ=11) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGACGTTGCCTGAGGCAACGGTCTCTCGCt > 1:9501494/1‑140 (MQ=11) tCCCCGCATGGGCAGAAGAGTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTGGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt > 2:3478690/1‑140 (MQ=11) tCCCCGCAGGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGACGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTAGCt > 1:3044145/1‑140 (MQ=11) ccccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGGCGGCGGCGACGCGCACTCGCTg > 1:2440541/1‑140 (MQ=14) ccccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCACCGCTCTCTCGCTg > 2:11114994/1‑140 (MQ=255) ccccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGCACTCTCGCTg > 1:6517959/1‑140 (MQ=255) ccccGCATGGGCAGACGAGTTGATTGCGGAGTCGCGTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGTTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTTCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGAGGCAACGCACACTCGCTg > 2:9833594/1‑140 (MQ=11) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTGCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTg > 1:7282620/1‑140 (MQ=255) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTGTTGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTCCGCGCTGAGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCGCTCTCGCTg > 2:7627491/1‑140 (MQ=11) cccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGa > 1:3867134/1‑140 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTgg > 2:1327906/1‑139 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTgg > 1:4817098/1‑139 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTgg > 2:9482597/1‑139 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAGGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCAGGCGGCAACGCTCTCTCGCTgg > 2:6361462/1‑139 (MQ=11) aTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc < 2:8026374/140‑1 (MQ=255) | GATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTC > NZ_CP025268/1292709‑1292987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |